结论前置：工厂因质量问题扣工人工资是否合法，需根据具体情况及相关法律法规来判断。一般情况下，未经法定程序或合同约定，工厂擅自对员工罚款是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律层面分析
罚款权力的缺失：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并无直接对员工进行罚款的法律权力。罚款属于行政处罚的一种，其行使权由相关司法机关或行政机关执行，企业并非行政机关，因此无权对员工进行罚款。
员工过错导致损失的赔偿：
- 如果员工因故意或重大过失给工厂造成了经济损失，工厂可以要求员工进行赔偿，但这并非罚款。赔偿需基于明确的事实依据和合理的计算标准，且工厂应提供充分的证据证明员工的过失及损失数额。
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
二、规章制度层面分析
合法有效的规章制度：
- 工厂可以制定完善的规章制度来管理员工，但这些规章制度必须经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向员工公示。规章制度内容不得违反法律法规的强制性规定。
- 在员工出现质量问题且符合规章制度规定的情形时，工厂可按照规章制度对员工进行相应的管理和处理，如警告、记过等，但不得涉及罚款。
规章制度的合法性要求：
- 若工厂没有制定相关规章制度，或规章制度的制定程序不合法、内容不合理，则工厂以质量问题为由对员工进行任何形式的处罚（包括罚款）都是不合法的。例如，未经民主程序和公示的临时罚款规定是无效的。
三、实际操作建议
加强质量控制：
- 工厂应加强质量控制和检验流程，确保产品质量符合标准，减少因质量问题导致的损失和纠纷。
合理确定责任：
- 在出现质量问题时，工厂应通过合理调查和分析确定责任，采取适当措施纠正和改进，而非简单地对员工进行罚款。
员工培训与教育：
- 工厂应提高员工培训和教育，增强员工的质量意识和操作技能，减少因操作不当导致的质量问题。
合法合规管理：
- 工厂在管理员工时，应遵守相关法律法规，制定合法有效的规章制度，并采取科学合理的管理方式，确保管理行为的合法性和合理性。
四、员工维权途径
如果工厂未经法定程序或合同约定擅自对员工进行罚款，员工可以采取以下措施维护自己的权益：
与工厂协商：首先尝试与工厂沟通协商，要求说明扣工资的依据并纠正不合理行为。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权责令工厂改正并处以罚款。
申请劳动仲裁：员工也有权直接申请劳动仲裁，要求工厂返还不合理扣款并支付经济补偿等。
总结来说，工厂因质量问题扣工人工资是否合法，需根据具体情况及相关法律法规来判断。在无明确法律依据和合同约定的情况下，擅自罚款是不合法的。工厂应遵守相关法律法规，制定合法有效的规章制度，并采取科学管理方式预防和处理质量问题。在确因员工故意或重大过失造成损失时，可依法依约要求员工赔偿。员工在面对不合法的扣工资行为时，也应积极维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。