结论：公司按照员工年薪标准缴纳社保但不包含加班费，这种做法一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

从社保缴费基数的规定来看

根据相关法律法规，职工的社保缴费基数通常是根据职工上一年度月平均工资来确定的。而月平均工资的计算是按照国家统计局规定列入工资总额统计的项目来计算的，工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资六个部分组成。

也就是说，加班费属于工资总额的组成部分，应当纳入社保缴费基数的计算范畴。如果公司不将加班费计算在内，只按照年薪中不包含加班费的部分来缴纳社保，就导致社保缴费基数低于实际应缴基数，这不符合法律规定。

从对员工权益的影响角度分析

社保缴费基数的高低直接影响到员工各项社保待遇的享受水平，比如养老保险待遇与缴费基数和缴费年限密切相关，缴费基数越高，未来领取的养老金可能相对越多；医疗保险的报销比例等也可能与缴费基数有一定关联。

公司不将加班费纳入社保缴费基数，会使员工的社保权益受到损害，员工在未来享受社保待遇时可能会面临待遇降低的情况，这显然对员工是不公平的，也违背了社保制度保障员工基本生活和权益的初衷。

从法律责任方面考虑

如果公司存在这种不合法缴纳社保的行为，一旦被社保部门查处，公司可能会面临一系列的法律责任。社保部门会责令公司限期补缴，并且可能会加收滞纳金。如果公司在规定期限内仍不补缴，还可能会被处以罚款等更严厉的处罚措施。

建议：如果遇到公司按照这种方式缴纳社保的情况，员工可以先与公司进行沟通协商，要求公司按照法律规定，将加班费纳入社保缴费基数重新核算并补缴社保。如果协商无果，员工可以向当地社保部门进行投诉举报，由社保部门介入调查处理，以维护自己的合法权益。要是你在这个过程中还有其他疑问，随时可以向我咨询。