公司社保缴费基数按扣除加班费后的工资计算是不合法的。以下从多个角度进行分析说明：

1. 法律规定层面：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，职工的社保缴费基数通常应以其上一年度月平均工资性收入为标准。这里的“工资性收入”是一个广义概念，它涵盖了职工在单位工作期间所获得的所有货币性收入，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，原则上加班费也应包含在内，除非地方有特别规定。
   • 加班费是职工因额外工作而获得的报酬，属于工资性收入的一部分。因此，将加班费从工资总额中扣除后再计算社保缴费基数，显然与法律规定不符。

2. 实际操作与合规性：

   • 在实际操作中，一些公司可能会为了降低社保缴费成本，而采取将加班费等额外收入从工资总额中扣除的做法。然而，这种做法不仅违反了法律规定，也损害了职工的合法权益。
   • 社保缴费基数的确定应遵循公平、公正、公开的原则，确保每位职工都能按照其实际工资水平缴纳社保费用，从而享受相应的社保待遇。

3. 职工权益保护：

   • 如果公司存在将加班费从工资总额中扣除后再计算社保缴费基数的行为，职工有权向当地社保部门或劳动监察部门进行投诉和举报。
   • 相关部门在接到投诉后，会进行调查核实，并依法对违规公司进行处理，包括责令补缴社保费用、罚款等。

4. 建议与措施：

   • 对于职工而言，应了解自己的社保缴费基数和缴费情况，确保公司按照法律规定为自己缴纳社保费用。
   • 如果发现公司存在违规行为，应及时与公司沟通协商，要求公司纠正错误并补缴社保费用。如果协商无果，可以向相关部门投诉举报以维护自己的合法权益。

综上所述，公司社保缴费基数按扣除加班费后的工资计算是不合法的。职工应了解自己的社保权益，并在发现公司存在违规行为时及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。