自治小区业主大会表决通过收取电动摩托车车位管理费，在符合法定程序和条件的情况下，是合法的。以下从多个角度进行分析：
法律依据与程序要求
业主大会的决策权：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关物业管理法规，业主大会是小区物业管理的最高决策机构，有权对小区内的公共事务进行决策，包括制定和修改管理规约、选聘和解聘物业服务企业、决定专项维修资金的使用等。
- 收取电动摩托车车位管理费，属于小区公共事务管理的一部分，因此业主大会有权对此进行决策。
决策程序的合法性：
- 业主大会的决策必须遵循法定程序，包括提前通知业主、召开会议、表决等。
- 表决事项应当经专有部分占建筑物总面积过半数的业主且占总人数过半数的业主同意（即“双过半”原则），对于涉及改建、重建建筑物及其附属设施等重大事项，则需要经专有部分占建筑物总面积三分之二以上的业主且占总人数三分之二以上的业主同意（即“双三分之二”原则）。不过，收取车位管理费通常不属于重大事项，因此适用“双过半”原则即可。
- 如果业主大会的决策程序符合上述要求，那么其通过的收取电动摩托车车位管理费的决议就是合法的。
收费的合理性与透明度
收费的合理性：
- 业主大会收取电动摩托车车位管理费，应当基于合理的成本考虑，如车位维护、管理、清洁等费用。
- 收费标准应当合理，不得过高或过低，以免损害业主的利益或影响车位的正常使用。
收费的透明度：
- 业主大会应当将收费标准、收费用途等事项向业主公开，接受业主的监督。
- 如果业主对收费有异议，业主大会应当及时进行解释和说明，确保收费的透明度和公正性。
可能的法律后果与风险防范
法律后果：
- 如果业主大会的决策程序合法、收费合理且透明，那么其通过的收取电动摩托车车位管理费的决议将具有法律效力，业主应当遵守。
- 如果业主大会的决策程序存在瑕疵、收费不合理或不透明，那么业主有权向相关部门投诉或寻求法律救济。
风险防范：
- 业主大会在决策前应当充分征求业主的意见和建议，确保决策的民主性和科学性。
- 业主大会可以委托专业的物业服务企业或律师对收费事项进行评估和审核，确保收费的合理性和合法性。
- 业主大会应当建立完善的监督机制，对收费事项进行定期审计和公开，接受业主的监督。
建议：如果您作为业主对自治小区业主大会表决通过的收取电动摩托车车位管理费有异议，可以先与业主大会或物业服务企业进行沟通协商，了解收费的具体情况和依据。如果沟通无果，您可以向相关部门投诉或寻求法律救济。同时，我也建议您在未来的小区事务管理中积极参与业主大会的决策过程，维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。