结论：孕期公司扣基本工资，在大多数情况下是不合法的。
详细分析：
法律对孕期女职工的特殊保护：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得降低其工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这一规定明确保障了女职工在特殊生理时期的合法权益，包括工资待遇不受影响。因此，公司单方面扣除孕期女职工的基本工资，很可能违反了这些法律规定。
合法与不合法的具体情形：
- 合法情形：虽然理论上存在公司依据合法有效的规章制度（如业绩考核制度）对员工进行工资调整的可能性，但这必须满足一系列严格条件，包括制度经过民主程序制定、向员工公示，且调整标准合理。然而，在涉及孕期女职工时，这些条件往往难以完全满足，因为孕期女职工的生理状况可能影响其工作表现，公司应给予适当的理解和照顾。
- 不合法情形：如果公司未经合法程序，或未考虑孕期女职工的特殊情况，单方面扣除其基本工资，则属于违法行为。这种行为不仅侵犯了女职工的合法权益，也可能对公司的声誉和劳动关系造成负面影响。
产检时间的工资支付：
- 怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，应算作劳动时间，公司不应扣除其薪酬。这是对孕期女职工额外保护的一项具体措施，体现了法律对女性职工的关怀和尊重。
维权途径：
- 如果孕期女职工遭遇公司扣基本工资的情况，首先应与公司协商解决，要求恢复被扣减的工资。
- 若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁来维护自己的权益。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。
- 对仲裁结果不服的，还可以在规定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法途径进一步维护自身权益。
建议：
- 作为孕期女职工，应了解自己的合法权益，并在遇到公司扣基本工资等违法行为时，及时采取措施进行维权。
- 公司也应遵守相关法律法规，尊重和保护孕期女职工的合法权益，避免因此引发劳动争议和法律风险。
可能后果：
- 如果公司违法扣除孕期女职工的基本工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 同时，公司还可能因侵犯女职工的合法权益而承担民事赔偿责任，如支付被扣减的工资、赔偿金等。
总之，孕期公司扣基本工资在大多数情况下是不合法的。孕期女职工应了解自己的法律权益，并在遇到此类情况时及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。