结论：公司以怀孕员工不加班为由扣钱的行为，一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
一、法律对怀孕女职工的特殊保护
根据《中华人民共和国劳动法》和《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期（简称“三期”）内，享有特殊的劳动保护。这些保护措施包括但不限于：
不得降低工资：女职工在“三期”内，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这意味着，即使女职工因怀孕无法加班，公司也不得因此降低其基本工资。
合理安排工作时间和休息休假：用人单位应当根据女职工的身体状况，合理安排其工作时间和休息休假，确保女职工的身体健康。如果女职工因怀孕需要减少工作时间或者调整工作岗位，公司应当予以配合。
二、加班与扣钱的合法性分析
加班的自愿性：根据《劳动法》的规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，即加班应当是自愿的，而非强制的。如果公司强制怀孕女职工加班，这本身就是违法的。
扣钱的合法性：公司以怀孕女职工不加班为由扣钱，缺乏法律依据。如前所述，女职工在“三期”内享有特殊的劳动保护，公司不得因女职工怀孕而降低其工资。因此，即使女职工不加班，公司也无权扣钱。
三、可能的法律后果
如果公司违反上述规定，以怀孕女职工不加班为由扣钱，女职工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与公司协商：首先，女职工可以尝试与公司进行协商，要求公司停止违法行为并补发被扣的工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，女职工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对公司进行查处并责令公司改正违法行为。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足女职工的诉求，女职工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或者向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
四、建议与提醒
保留证据：女职工在维护自己合法权益的过程中，应当注意保留相关证据，如工资条、考勤记录、与公司沟通的记录等，以便在需要时提供证明。
及时咨询：如果女职工对公司的行为存在疑问或者需要进一步的法律帮助，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，公司以怀孕员工不加班为由扣钱的行为是不合法的。女职工在遇到此类情况时，应当积极维护自己的合法权益，必要时可以寻求法律帮助。