孕期女员工产检扣工资是不合法的。以下是从多个角度对此问题的详细分析：
法律依据
《女职工劳动保护特别规定》第六条：
- 明确规定怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间计入劳动时间。这意味着产检时间应被视为正常的工作出勤时间，女职工在此期间并未缺勤，因此用人单位不得以任何理由扣除其工资。
《中华人民共和国劳动法》相关规定：
- 第三条：劳动者享有取得劳动报酬的权利。女职工进行产检是基于怀孕的生理特殊情况，是为保障自身和胎儿健康所必需的行为，用人单位扣发工资侵犯了女职工获得劳动报酬的权利。
- 第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。产检期间女职工未缺勤，用人单位扣工资属于克扣工资的违法行为。
- 第六十一条：体现了对孕期女职工的特殊保护原则，虽然该条未直接提及产检扣工资问题，但强调了孕期女职工应受到的特殊照顾和保护，为产检不得扣工资提供了法律精神支持。
《中华人民共和国妇女权益保障法》第四十八条：
- 用人单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资和福利待遇。产检是孕期的合理需求，用人单位因女职工产检扣工资，明显违反了这一规定，侵害了女职工的合法权益。
维权建议
如果孕期女员工遇到产检被扣工资的情况，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
友好协商：
- 首先尝试与用人单位进行沟通，明确指出其行为违反了相关法律法规，要求补发被扣除的工资。在协商过程中，可以引用上述法律依据来支持自己的观点。
正式投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动保障部门（如劳动监察大队）提出正式投诉。劳动保障部门将依法对用人单位的违法行为进行调查，并责令其改正及补发工资。在投诉时，应提供相关证据，如产检记录、工资单、与用人单位的沟通记录等。
法律援助与仲裁：
- 如需进一步维权，女员工可寻求法律援助服务，了解详细的法律程序和自身权益。同时，也可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过正式的仲裁程序解决争议。对仲裁结果不服的，还有权向人民法院提起诉讼。
实际案例与启示
在实际操作中，已经有多起孕期女员工因产检被扣工资而成功维权的案例。这些案例表明，只要女员工了解自己的合法权益，并积极采取措施进行维权，通常都能够获得满意的结果。因此，孕期女员工应增强法律意识，了解自己的权益和维权途径，以便在遭遇不公时能够及时有效地维护自己的合法权益。
综上所述，孕期女员工产检扣工资是不合法的，受到相关法律法规的严格保护。如果遇到此类情况，女员工应积极采取措施进行维权，以保障自己的合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。