女员工怀孕单位扣社保不合法。

一. 单位扣社保的违法性分析

1. 社保缴纳是法定义务：根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当按时足额缴纳社会保险费。这是用人单位的法定义务，不因员工怀孕而有所改变。
2. 怀孕女员工的特殊保护：根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工在怀孕期间享有特殊的劳动保护，包括产假等权益。单位扣社保不仅违反了社保法的规定，也侵害了怀孕女员工的合法权益。

二. 单位扣社保的法律后果

1. 行政责任：如单位未按时足额缴纳社会保险费，社会保险费征收机构有权责令其限期缴纳或者补足，并按日加收万分之五的滞纳金。逾期仍不缴纳的，还可能面临欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。
2. 对女员工的影响：单位扣社保可能导致女员工在怀孕期间及产假期间无法享受应有的社保待遇，如医疗费用报销、生育津贴等，给女员工带来经济损失和精神压力。

三. 建议与措施

1. 与单位沟通：建议女员工首先与单位沟通，了解扣社保的具体原因，并要求单位立即纠正违法行为，按时足额缴纳社保费。
2. 向相关部门投诉：如单位拒不改正，女员工可以向当地社会保险费征收机构或劳动监察部门投诉，要求依法处理。
3. 法律维权：如女员工的合法权益受到严重侵害，还可以考虑通过法律途径维权，如提起劳动仲裁或诉讼。

我建议，女员工在怀孕期间应特别关注自己的社保缴纳情况，确保自己的合法权益不受侵害。如有进一步需要，您可以继续咨询我。