结论前置：员工自动离职后，其工资仍然应当结算，用人单位需依法支付员工已提供劳动所对应的工资。这是劳动者的合法权益，也是用人单位必须履行的法律义务。
一、工资结算的法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条、《中华人民共和国劳动合同法》第三十条以及《工资支付暂行规定》第九条等相关法律法规，劳动者为用人单位提供实际劳动后，即享有获得相应劳动报酬的权利。无论员工是否自动离职，只要其提供了劳动，用人单位就不得克扣或无故拖欠工资。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且应按照实际工作天数和双方约定的工资标准进行结算。
二、工资结算的具体规定与操作
按实际工作天数结算：
- 用人单位需根据员工实际工作的天数和双方约定的工资标准来计算应支付的工资。例如，若员工在某月工作了15天后自动离职，用人单位应支付这15天的工资。
- 对于计件工资的员工，则根据其实际完成的工作量和计件单价来计算工资。
及时支付：
- 工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付，如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。
- 在劳动关系解除或终止时，用人单位应在解除或终止劳动合同的同时一次付清劳动者工资。即使员工是自动离职，用人单位也需在完成工作交接或确定实际工作情况后及时结算工资。
扣除项目与限制：
- 若员工有未归还的公司财物、借款等，用人单位可依据相关规定进行相应扣除，但需确保合法合规，且有明确依据。
- 若员工的自动离职给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求员工赔偿相应损失。但赔偿的扣除需遵守以下规定：每月扣除的赔偿金额不得超过劳动者当月工资的20%；扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、特殊情况下的处理与注意事项
未办理离职手续：
- 员工自离虽属擅自离岗，但用人单位仍应按法律规定结算工资。
- 用人单位可要求员工回来办理离职手续，完成工作交接。若员工拒绝，用人单位应书面通知相关后果并保留证据，但不得以此为由拒绝支付工资。
员工权益维护：
- 员工在离职前应尽可能提交书面辞职申请并办理离职手续，以便公司顺利进行工资结算和社保账户转移。
- 若员工认为工资结算存在不合理之处，可通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等合法途径维护自身权益。
四、实际案例与法律后果
- 案例：某员工因个人原因自动离职，未办理离职手续。用人单位以员工未交接工作为由拒绝支付工资。员工向劳动监察部门投诉后，劳动监察部门责令用人单位支付工资，并对用人单位进行了处罚。
- 法律后果：若用人单位以员工自动离职为由拒绝支付工资，将面临劳动监察部门的处罚，包括责令限期支付工资、加付赔偿金等。同时，员工也有权通过法律途径维护自己的合法权益。
五、总结与建议
员工自动离职并不影响其获得已付出劳动对应的工资。用人单位应依法履行支付工资的义务，确保员工的合法权益不受侵害。同时，员工也应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护这些权益。若您在工资结算方面遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。