结论：单位在办理退休时发现档案填写错误，要求退回已发放的工资，这一要求是否合理不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、档案填写错误与工资发放的关系
档案错误非工资发放错误直接原因：
- 档案中的入职时间填写错误，并不直接等同于工资发放错误。工资发放通常基于实际的出勤记录、工作表现及劳动合同等实际工作情况。
- 如果单位在发放工资时，并未依据档案中的入职时间，而是依据了实际的出勤和工作情况，那么档案填写错误不应成为要求退回工资的理由。
档案错误可能导致误解或纠纷：
- 尽管档案错误不直接导致工资发放错误，但它可能引发单位对员工入职时间的误解，进而可能产生关于工资、福利、工龄计算等方面的纠纷。
- 在这种情况下，单位应首先核实员工的实际入职时间，而不是直接要求退回工资。
二、单位要求退回工资的合法性
缺乏法律依据：
- 一般情况下，单位要求员工退回已发放的工资，需要基于明确的法律依据或合同约定。
- 档案填写错误并不构成单位要求退回工资的合法理由，除非能够证明工资发放本身存在错误（如多发了工资）。
可能涉及违法解除或变相解雇：
- 如果单位以档案填写错误为由，要求员工退回工资并可能采取进一步措施（如解雇），这可能构成违法解除或变相解雇。
- 员工有权拒绝单位的不合理要求，并可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。
三、建议与措施
核实实际入职时间：
- 员工应首先核实自己的实际入职时间，并收集相关证据（如劳动合同、入职通知书、考勤记录等）来证明自己的入职时间。
与单位沟通协商：
- 员工可以与单位进行沟通协商，解释档案填写错误的原因，并提供实际入职时间的证据。
- 双方可以共同寻求解决方案，如更正档案、调整工龄计算等，以避免不必要的纠纷。
寻求法律援助：
- 如果单位坚持要求退回工资或采取其他不合理措施，员工可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。
- 律师可以协助员工分析案情、提供法律意见，并代表员工与单位进行协商或提起诉讼。
总结与进一步思考：档案填写错误是一个常见的问题，但单位不能因此要求员工退回已发放的工资。员工应核实自己的实际入职时间，并与单位进行沟通协商。如果单位坚持不合理要求，员工可以寻求法律援助来维护自己的权益。在处理此类问题时，建议员工保持冷静、理性，并收集好相关证据以支持自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。