结论：超市将绩效考核扣分直接折算成员工工资扣掉，是否违法需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
劳动合同或规章制度明确约定：
- 如果超市与员工在劳动合同中明确约定了绩效考核制度，并且该制度详细规定了考核标准、扣分规则以及扣分与工资扣减的对应关系，同时该制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）并公示或告知员工，那么超市按照约定进行工资扣减是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
扣减后工资不低于最低工资标准：
- 即使绩效考核扣分导致工资扣减，但扣减后的工资仍不得低于当地最低工资标准。如果超市确保扣减后的工资不低于最低工资标准，那么这种扣减是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
二、违法情形
未明确约定或规章制度不合法：
- 如果超市未与员工在劳动合同中明确约定绩效考核制度，或者该制度未经民主程序制定、未公示或告知员工，那么超市单方面将绩效考核扣分折算成工资扣减是违法的。
- 法律后果：员工有权要求超市补发被扣减的工资，并可能依据相关法律法规要求超市支付经济补偿或赔偿金。
扣减后工资低于最低工资标准：
- 如果绩效考核扣分导致工资扣减后，员工的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣减是违法的。
- 法律后果：超市需补发员工工资至最低工资标准，并可能面临劳动行政部门的处罚。
扣减工资缺乏合理性：
- 即使劳动合同或规章制度中有相关规定，但如果超市的绩效考核扣分标准过于苛刻、不合理，或者扣减工资的幅度过大，也可能被视为违法。例如，扣减工资的比例过高，导致员工生活困难等。
- 法律建议：在这种情况下，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认超市的扣减行为违法，并要求补发工资。
三、建议与注意事项
- 超市方面：应确保绩效考核制度合法、合理，并经过民主程序制定、公示或告知员工。同时，应确保扣减后的工资不低于最低工资标准，避免引发劳动争议。
- 员工方面：应仔细阅读劳动合同和规章制度，了解绩效考核制度和工资扣减的相关规定。如果认为超市的扣减行为违法，可以及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向劳动行政部门投诉。
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