是的，如果店铺关门了，用人单位应当直接结清全部工资。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》以及《工资支付暂行规定》的相关规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，如果店铺因为各种原因（如经营不善、租赁到期等）而关门，导致与员工的劳动关系终止，那么店铺作为用人单位，有义务在关门的同时结清员工的全部工资。

实际操作角度

1. 工资结算流程：在店铺关门的情况下，用人单位应当尽快与员工进行工资结算。这通常包括核对员工的出勤记录、计算应发工资、扣除应扣款项（如社保、个税等），并最终确定实发工资数额。
2. 支付方式：工资结算完成后，用人单位应当通过银行转账、现金支付等方式，将工资及时支付给员工。如果因特殊情况无法立即支付，应当与员工协商并明确支付时间，但不得无故拖延。

特殊情况处理

1. 经济补偿：如果店铺关门是因为用人单位的原因（如经营不善导致破产、裁员等），并且符合《中华人民共和国劳动合同法》中关于经济补偿的规定，那么用人单位除了结清工资外，还应当向员工支付经济补偿。经济补偿的标准根据员工在用人单位的工作年限和月工资水平来确定。
2. 争议解决：如果员工对工资结算或经济补偿有异议，可以与用人单位进行协商。如果协商不成，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

建议与提醒

1. 保留证据：员工在离职前应当保留好与工资相关的证据，如工资条、出勤记录等，以便在发生争议时能够证明自己的权益。
2. 及时咨询：如果员工对工资结算或经济补偿有疑问，或者遇到用人单位无故拖延支付工资的情况，应当及时咨询专业律师或当地劳动监察部门，以获取专业的法律帮助和建议。

综上所述，店铺关门时，用人单位应当直接结清全部工资。如果员工在工资结算或经济补偿方面遇到问题，应当及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。