是的，连锁店离职时，工资原则上必须结清。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。同时，用人单位应当依照本法有关规定向劳动者支付经济补偿，并在办结工作交接时支付工资。这意味着，无论是在连锁店还是其他类型的用人单位，离职时工资都应当结清。
实际操作角度
正常离职流程：在正常情况下，员工按照公司规定的离职流程办理离职手续，包括工作交接、物品归还等。在完成这些手续后，公司应当立即结清工资。如果公司拖延支付工资，员工有权向公司提出异议，并要求公司立即支付。
特殊情况处理：如果员工因故未能按照正常流程办理离职手续，或者公司因特殊原因（如财务结算延迟等）无法立即结清工资，双方可以协商确定一个合理的支付时间。但这种协商应当基于双方自愿和平等的基础上进行，且公司不得无故拖延支付工资。
法律后果角度
如果公司未按照法律规定在离职时结清工资，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与公司协商：首先尝试与公司进行协商，要求公司立即支付工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁：如果劳动监察部门未能解决问题，员工还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能产生的经济补偿。
提起诉讼：在劳动仲裁裁决后，如果公司仍不履行支付义务，员工还可以向人民法院提起诉讼，要求公司支付工资及赔偿损失。
建议
保留证据：在离职时，员工应当保留好与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在需要时证明自己的权益。
及时沟通：如果公司未能按时支付工资，员工应当及时与公司沟通，了解原因并要求公司给出明确的支付时间。
寻求法律帮助：如果公司无故拖延支付工资或拒绝支付工资，员工可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总之，连锁店离职时工资必须结清是法律规定的义务。如果公司未能履行这一义务，员工有权采取法律措施维护自己的权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。