针对您已提交离职申请但单位扣押证件的问题，这确实是一个需要严肃对待的情况。首先，我要明确告诉您，任何单位都没有权利扣留您的证件原件，这是根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条明确规定的，该条款指出用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
针对您当前的情况，我建议您采取以下步骤来解决问题：
与单位沟通：
- 首先，您可以尝试与单位的人力资源部门或直接上级进行沟通，明确表达您需要取回被扣押的证件，并指出这是您的合法权益，单位无权扣留。
书面要求归还：
- 如果口头沟通无果，您可以向单位发送一份书面通知，要求单位在规定时间内归还您的证件。在通知中，您可以引用相关法律法规，以增强说服力。
向劳动监察部门举报：
- 如果单位仍然拒绝归还，您可以向当地的劳动监察部门举报。劳动监察部门有权对单位的违法行为进行调查，并可以采取相应的行政措施来保护您的权益。
寻求法律援助：
- 在极端情况下，如果单位的行为严重侵犯了您的权益，您可以考虑寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
在处理此类问题时，您还需要注意以下几点：
- 保留证据：确保您保留了所有与单位沟通的记录，包括邮件、短信、通话记录等，这些证据在后续处理中可能会起到关键作用。
- 了解法律法规：熟悉相关的法律法规，特别是与劳动合同和劳动者权益保护相关的条款，这将有助于您更好地维护自己的权益。
- 保持冷静和理性：在处理此类问题时，保持冷静和理性是非常重要的。避免与单位发生不必要的冲突，通过合法途径来解决问题。
最后，我希望您能够顺利取回被扣押的证件，并顺利完成离职手续。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，随时都可以向我咨询。