如果单位不承认扣押了你的证件，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 收集证据：

   • 书面证据：首先，尝试寻找任何与单位扣押证件相关的书面文件，如扣押单、收条、邮件、短信或聊天记录等。这些文件能够直接证明单位扣押了你证件的事实。
   • 证人证言：如果有同事或在场人员目睹了单位扣押你证件的过程，他们的证言也可以作为证据。尽量获取他们的联系方式，以便在需要时能够请他们出庭作证。
   • 其他证据：如录音、录像等，如果可能的话，也可以作为辅助证据来证明单位的行为。

2. 与单位协商：

   • 在收集到一定证据后，你可以尝试与单位进行协商，要求单位承认扣押证件的事实，并归还你的证件。在协商过程中，保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和理由。

3. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果单位拒绝承认扣押证件或拒绝归还，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对单位的违法行为进行调查和处理，并可以要求单位归还你的证件。
   • 在投诉时，你需要提供详细的证据和情况说明，以便劳动监察部门能够准确了解事情经过并作出处理。

4. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 如果劳动监察部门的处理结果未能满足你的诉求，或者单位仍然拒绝归还证件，你可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。
   • 劳动仲裁：你可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位归还证件并可能获得相应的赔偿。仲裁过程相对简便快捷，且仲裁裁决具有法律效力。
   • 提起诉讼：如果仲裁结果未能满足你的诉求，或者你认为仲裁过程存在不公正之处，你可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来证明单位扣押证件的事实，并要求法院判决单位归还证件并承担相应的法律责任。

5. 法律后果说明：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。如果单位违反这一规定，将面临劳动行政部门的责令改正和罚款等处罚。同时，你也有权要求单位归还证件并可能获得赔偿。

在处理此类问题时，建议你保持冷静和理性，不要采取过激行为。同时，及时收集证据并寻求法律帮助是非常重要的。如果你在此过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。