结论：公司规定实行单休，员工每周工作六天每天工作八小时的情况下，超出标准工时的部分应按不低于工资的200%来计算加班费。

分析说明：

1. 标准工时制度：

   • 根据我国《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。在一般情况下，标准工时制下，劳动者每周工作5天，每天8小时，即每周40小时。超出这个时间的工作，通常被视为加班。

2. 单休情况下的加班认定：

   • 在公司规定实行单休，即每周工作6天的情况下，员工每天工作8小时，那么每周总工作时间为48小时。这超出了标准工时制下的44小时（或更常见的40小时）限制。
   • 超出标准工时的部分，即每周多出的4小时（以44小时为标准）或8小时（以40小时为标准，但实践中多以40小时为计算加班的基准），应被视为加班。不过，由于《劳动法》第三十六条规定的是“平均每周工作时间不超过四十四小时”，而后续规定及实践中多以每日8小时、每周40小时为标准工时，且加班费的计算也通常以此为基准，因此这里我们主要讨论以40小时为基准的情况。

3. 加班费的计算：

   • 根据《劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
   • 在单休制度下，员工每周多工作的1天（即第6天）通常被视为休息日加班。因此，这1天（8小时）的加班费应按不低于工资的200%来计算。
   • 如果公司已经通过调休等方式对这部分加班进行了补偿，则可能不需要额外支付加班费。但根据问题描述，并未提及调休情况，因此应支付加班费。

4. 特殊情况说明：

   • 如果公司能够证明其单休制度已经得到了劳动行政部门的批准，并且符合相关法律法规的规定（如综合计算工时制等），则加班费的计算可能有所不同。但这种情况较为特殊，且需要具体的批准文件和计算方式作为依据。
   • 在实践中，大多数单休制度并未得到特殊批准，因此应按照上述标准工时制下的加班费计算方式来执行。

建议与行动：

• 员工方面：如果公司未按照上述标准支付加班费，员工有权向公司提出异议，并要求公司补发加班费。如果公司拒绝补发，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 公司方面：公司应严格遵守相关法律法规的规定，合理安排员工的工作时间和休息时间。如果确实需要实行单休制度，应确保员工的加班费得到足额支付，并考虑通过调休等方式来减轻员工的负担。

示例计算（以月工资为基准，假设月工资为X元）：

• 假设员工每月工作26天（单休制度下的大致月工作天数），每天8小时，则月总工作时间为208小时。
• 其中，标准工时为160小时（20天×8小时），加班工时为48小时（6天×8小时）。
• 加班费计算：加班工时×（月工资÷21.75÷8）×200% = 48×（X÷21.75÷8）×2 = 约5.52X/21.75（具体数值取决于X的大小）。这里21.75是月平均计薪天数。

注意：上述计算仅为示例，实际计算时应根据员工的月工资、具体加班天数和小时数等因素进行调整。如果有具体的工资数额和加班情况，可以提供更精确的计算。

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