结论是：员工辞职时公司只支付80%的工资，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断，但通常情况下，若没有合法理由，公司单方面扣减工资是违法的。以下从不同角度进行分析：
一、法律规定角度
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，除非有法定或约定的扣除情形，否则用人单位不得随意扣减劳动者的工资。
二、可能存在的合法扣除情形
虽然一般情况下公司不得随意扣减工资，但也存在一些合法的扣除情形，如：
代扣代缴个人所得税：根据税法规定，用人单位有义务代扣代缴劳动者的个人所得税。
代扣代缴社会保险费：用人单位和劳动者需共同缴纳社会保险费，用人单位有权从劳动者工资中代扣代缴其应承担的部分。
法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费：在特定法律程序中，如离婚诉讼等，法院可能判决或裁定用人单位从劳动者工资中代扣抚养费、赡养费等。
法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用：如劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
若公司扣除的80%工资不属于上述合法情形，则公司的行为可能构成违法。
三、公司可能存在的违法行为及后果
如果公司没有合法理由而单方面扣减员工工资，这可能构成拖欠工资或克扣工资的行为。根据相关法律法规，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付被扣减的工资及可能的赔偿金。
四、建议与行动
与公司沟通：首先，建议员工与公司进行沟通，了解公司扣减工资的具体原因和依据。如果公司无法提供合法理由，员工可以明确表达自己的诉求。
收集证据：员工应收集与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以备后续维权之需。
寻求法律帮助：如果与公司沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
若你遇到类似情况，有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。