结论前置：员工未写离职申请但公司已结清工资，这一行为本身虽不直接构成违法，但可能引发一系列潜在后果，包括但不限于劳动关系确认的争议、经济补偿的争议以及公司管理上的风险。以下是对这些后果的详细分析：
一、劳动关系确认的争议
离职手续的完整性：
- 员工未提交离职申请，可能意味着离职手续未完全履行。在劳动法律框架下，离职申请是员工表达离职意愿并启动离职程序的重要文件。若缺失此文件，公司可能难以证明员工已主动离职，从而在后续劳动关系确认上产生争议。
劳动关系存续的认定：
- 若员工未正式提交离职申请，且公司未采取相应措施（如发出解除劳动合同通知），则双方劳动关系可能仍被视为存续。这可能导致公司在后续处理员工社保、公积金等事务时面临困难，甚至可能因未及时处理而承担法律责任。
二、经济补偿的争议
经济补偿的支付条件：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工在特定情况下离职（如公司未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等），有权要求公司支付经济补偿。若员工未提交离职申请，但公司已结清工资，这并不意味着公司无需支付经济补偿（如果存在其他应支付经济补偿的情形）。
争议的产生：
- 若员工后续主张公司存在违法行为并要求支付经济补偿，而公司无法提供员工主动离职的证据（如离职申请），则可能面临支付经济补偿的风险。即使公司已结清工资，也可能因其他违法行为而承担经济补偿责任。
三、公司管理上的风险
内部管理的混乱：
- 员工未提交离职申请而离职，可能导致公司内部管理混乱。例如，公司可能无法及时安排其他员工接替离职员工的工作，从而影响公司正常运营。
法律风险的增加：
- 若公司未对员工离职进行规范管理，可能增加公司面临法律风险的可能性。例如，公司可能因未及时办理离职手续而面临劳动监察部门的处罚，或因员工离职后主张权益而陷入劳动争议纠纷。
四、建议与措施
规范离职流程：
- 公司应制定规范的离职流程，要求员工在离职前提交离职申请，并办理相关离职手续。这有助于确保离职过程的合法性和规范性，减少后续争议的产生。
保留相关证据：
- 公司应保留员工离职的相关证据，如离职申请、工资结清证明等。这些证据在后续劳动关系确认和经济补偿争议中具有重要作用。
加强内部管理：
- 公司应加强内部管理，确保员工离职后及时办理相关手续，并安排其他员工接替工作。这有助于维护公司正常运营秩序，减少管理上的风险。
及时咨询与应对：
- 若公司面临员工离职相关的法律争议或风险，应及时咨询专业律师并采取相应措施进行应对。这有助于降低公司法律风险，维护公司合法权益。
作为李加文律师，我擅长处理劳动纠纷和合同纠纷领域的问题。如果您在员工离职管理方面遇到任何法律问题或困惑，欢迎直接向我咨询。