关于超过两年追溯期不予处罚的程序问题，首先需要明确的是，这通常涉及到的是刑事案件的追诉时效制度。追诉时效是指刑事法律规定的，对犯罪分子追究刑事责任的有效期限，超过此期限，除非特定情况，否则一般不再追诉。
追诉时效的基本规定
根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过下列期限不再追诉：
- 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；
- 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；
- 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；
- 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
超过追诉时效的处理程序
立案阶段：
- 如果案件在立案阶段就已经发现超过了追诉时效，那么公安机关、人民检察院或人民法院应当不予立案，或者如果已经立案，应当撤销案件。
侦查阶段：
- 在侦查过程中，如果发现犯罪已过追诉时效期限，侦查机关应当撤销案件，并将撤销案件的原因和结果通知报案人、控告人、举报人。
审查起诉阶段：
- 人民检察院在审查起诉时，如果发现犯罪已过追诉时效期限，应当作出不起诉决定。这意味着案件将不会进入审判阶段。
审判阶段：
- 如果案件已经进入审判阶段，法院在审理过程中发现犯罪已过追诉时效期限，应当终止审理，并宣告被告人无罪（但需注意，这里的“无罪”是基于追诉时效的考虑，而非被告人确实未实施犯罪）。不过，在司法实践中，更常见的是在审判前阶段就因追诉时效问题而终止程序。
特殊情况
- 不受追诉期限限制的情形：根据《中华人民共和国刑法》第八十八条，在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。此外，被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，也不受追诉期限的限制。
实际操作建议
- 对于当事人或家属：如果认为案件可能已超过追诉时效，可以向相关机关（如公安机关、人民检察院）提出申请，要求审查并确认是否已过追诉时效。
- 对于法律从业者：在处理刑事案件时，应首先审查案件的追诉时效问题，确保案件在法律允许的范围内进行追诉。
总结来说，超过两年追溯期（实际应根据具体罪名和法定刑来确定追诉时效）不予处罚的程序主要涉及到立案、侦查、审查起诉和审判等各个阶段的撤销案件、不起诉或终止审理等决定。如有具体案件或疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。