针对您提出的“超过二年行政处罚时效的如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确行政处罚时效的基本概念。行政处罚时效是指对违法行为人的违反行政管理秩序的行为，自该行为发生之日起超过一定期限没有被行政机关发现，就不再给予行政处罚的法律制度。这一制度旨在督促行政机关及时行使权力，保护当事人的合法权益，确保法律的公正性和权威性。
对于一般违法行为，根据2021年修订的《中华人民共和国行政处罚法》，如果自其发生之日起二年内，行政机关未能发现该违法行为，那么之后将不能对其进行行政处罚。例如，商家短斤少两的行为，若在两年内未被发现，则之后不得再因此给予行政处罚。
然而，也存在特殊时效的情况。对于涉及公民生命健康安全、金融安全且造成实际危害后果的违法行为，其追究时效延长至五年。如制药企业生产劣质药品并造成危害，即使在四年后发现，也可进行行政处罚。此外，某些特定领域的法律可能对行政处罚的时效有不同于一般法和特殊法的规定，例如《中华人民共和国税收征收管理法》就规定了违反税收法律法规的行为在五年内未被发现的，不再给予行政处罚。
当违法行为超过行政处罚时效时，行政机关应依法不再给予行政处罚，并需履行相应的告知和存档程序。具体来说：
确认超时效情况：行政机关在立案前的初步调查阶段，应核实违法行为的发生时间以及行政机关发现该违法行为的时间，确保确实已经超过了法定的行政处罚时效。
不予处罚决定：一旦确认超过时效，行政机关应依法作出不予立案或撤销案件的决定，并不再对该违法行为进行处罚。这是法律对行政机关的约束，也是对当事人权益的保护。
告知当事人：行政机关应以书面形式告知当事人相关情况，明确说明因超过时效而不再进行处罚的决定，以维护当事人的知情权。
存档备查：对于已经超过时效的违法行为，行政机关应将相关材料整理存档，以备日后可能的查询或审计，确保整个过程的合法性和规范性。
同时，需要特别注意的是，虽然超过行政处罚时效一般不再给予行政处罚，但若该违法行为同时涉及民事赔偿责任或刑事犯罪，则不影响当事人依法承担相应的民事责任或刑事责任。例如，某些环境污染违法行为，即便超过行政处罚时效，受害者仍可通过民事诉讼要求违法者承担损害赔偿责任；若该行为构成犯罪，司法机关仍可依法追究其刑事责任。
综上所述，面对超过行政处罚时效的案件，行政机关应严格遵守法律规定，确保处理方式的合法性、规范性和公正性。同时，当事人也应了解自身权益和责任，以便在必要时采取适当的法律措施。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询法律专业人士。