当行政违法行为超过了行政处罚的时效时，行政机关的处理方式需严格遵循法律规定，以确保公正、合法且规范。以下是对这一问题的详细解答：
一、行政处罚时效的基本概念
行政处罚时效，是指对违法行为人的违反行政管理秩序的行为，自该行为发生之日起超过一定期限没有被行政机关发现，就不再给予行政处罚的法律制度。这一制度旨在督促行政机关及时行使权力，同时保护当事人的合法权益，确保法律的公正性和权威性。
二、行政处罚时效的具体期限
一般规定：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。这是大多数违法行为的一般时效期限。
特殊规定：对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，上述期限延长至五年。此外，某些特定领域或特定类型的违法行为，可能由单行法律对行政处罚时效作出特别规定，这些特殊规定应优先适用。
三、超过行政处罚时效的处理方式
确认超时效情况：行政机关在立案前的初步调查阶段，应核实违法行为的发生时间以及行政机关发现该违法行为的时间，确保确实已经超过了法定的行政处罚时效。
作出不予处罚决定：一旦确认超过时效，行政机关应依法作出不予立案或撤销案件的决定，并不再对该违法行为进行处罚。这是法律对行政机关的约束，也是对当事人权益的保护。
告知当事人：行政机关应以书面形式告知当事人相关情况，明确说明因超过时效而不再进行处罚的决定。这一步骤旨在维护当事人的知情权，确保其了解自身权益和责任。
存档备查：对于已经超过时效的违法行为，行政机关应将相关材料整理存档，以备日后可能的查询或审计。这一步骤确保了整个处理过程的合法性和规范性。
四、特殊情况考量
尽管超过行政处罚时效一般不再给予行政处罚，但若该违法行为同时涉及民事赔偿责任或刑事犯罪，则不影响当事人依法承担相应的民事责任或刑事责任。例如，某些环境污染违法行为，即便超过行政处罚时效，受害者仍可通过民事诉讼要求违法者承担损害赔偿责任；若该行为构成犯罪，司法机关仍可依法追究其刑事责任。
五、总结与建议
行政机关在处理超过行政处罚时效的案件时，应严格遵守法律规定，确保处理方式的合法性、规范性和公正性。同时，作为公民，我们也应了解自身权益和责任，自觉遵守法律法规，共同维护社会秩序和公共利益。若您对行政处罚时效或其他相关法律问题有进一步疑问，建议咨询专业法律人士以获取更详细和准确的解答。