针对您提出的“超过法定追溯期限的行政处罚案件怎么处理”这一问题，以下是我根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律实践，为您提供的详细解答：
一、行政处罚的时效期限概述
根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，行政处罚存在时效期限，即违法行为在特定时间内未被行政机关发现的，将不再给予行政处罚。这一制度旨在保护当事人的合法权益，避免长期悬而未决的法律纠纷，同时提高执法效率。
- 一般规定：违法行为在二年内未被行政机关发现的，不再给予行政处罚。
- 特殊规定：对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，时效期限延长至五年。
- 起算时间：时效期限从违法行为发生之日起计算；若违法行为具有连续或继续状态，则从行为终了之日起计算。
二、超过法定追溯期限的处理方式
行政机关不得再给予行政处罚：
- 一旦超过法定的处罚期限，行政机关即丧失了对该违法行为进行处罚的权力。即使后续发现了相关线索或证据，也不能再启动行政处罚程序。
已作出处罚决定的处理：
- 若行政机关在不知情的情况下对已超过处罚期限的违法行为作出了行政处罚决定，当事人有权通过申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的权益。经复议机关或人民法院审查认定后，该行政处罚决定将被依法撤销。
三、当事人的权益保障
主张不再受罚：
- 当事人认为自己的违法行为已经超过行政处罚时效期限时，有权向行政机关提出时效抗辩，要求不予处罚。为此，当事人应提供能够证明违法行为发生时间的相关证据材料。
法律途径维权：
- 若行政机关无视处罚期限对当事人作出处罚，当事人可以在知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请（法律规定的申请期限超过六十日的除外），或在知道或应当知道作出行政行为之日起六个月内直接向人民法院提起行政诉讼（法律另有规定的除外）。在复议或诉讼过程中，当事人应明确阐述违法行为已过处罚期限的事实和理由。
四、特殊情形与注意事项
特殊情形：
- 法律另有规定的从其规定，如税收、治安管理等领域的特别时效。
- 若违法行为已立案调查，则不受追溯期限限制。
注意事项：
- 当事人在追溯期限内主动消除或减轻违法后果的，可能依法从轻、减轻或免予处罚。
- 刑事犯罪追诉时效与行政处罚追溯期限独立计算，互不影响。
- 行政机关需在追溯期限内完成立案、调查取证等法定程序，逾期丧失处罚权。
五、总结与建议
超过法定追溯期限的行政处罚案件，行政机关不得再给予行政处罚，当事人也有权主张不再受罚。当事人在面临可能的行政处罚时，应充分了解并合理运用这一法律规定来维护自己的权益。同时，也建议行政机关在执法过程中严格遵守相关法律法规，确保执法的公正性和合法性。最后，提醒所有公民遵守法律法规，避免违法行为带来的不必要的法律风险。