企业将电子考勤异常直接算作旷工处理，这一做法是否合法，需分情况讨论：

1. 若企业规章制度合法且已告知员工：

   • 合法性基础：根据《劳动合同法》第四条，企业有权制定规章制度，但需经民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）并公示或告知员工。若电子考勤异常被认定为旷工的规则已满足这些条件，则具有法律效力。
   • 例外情形：即使制度合法，若员工能证明考勤异常非本人过错（如系统故障、权限被篡改等），企业仍需承担举证责任。例如，员工可提供系统错误截图、同事证言等证据，证明自己实际出勤但未被记录。

2. 若企业规章制度不合法或未告知员工：

   • 直接违法：若制度未经民主程序、未公示，或内容显失公平（如“迟到1分钟即算旷工”），则该条款无效。企业以此为由处罚员工，可能构成违法解除劳动合同，需支付赔偿金（标准为2N，N为工作年限）。
   • 举证责任倒置：此时员工无需证明自己无过错，企业需自行证明考勤异常确属员工故意或重大过失。

3. 特殊情形下的合理性判断：

   • 技术故障处理：若企业因系统升级、网络问题导致考勤异常，应及时通知员工并允许补录。未采取补救措施直接处罚，可能被认定为管理失职。
   • 员工申诉渠道：合法制度应包含申诉流程（如向HR或工会提交书面说明）。若企业拒绝听取员工解释，直接处罚，可能侵犯员工程序性权利。

法律建议：

• 对员工：若被错误认定为旷工，可要求企业提供考勤原始数据（如打卡记录、监控录像），并书面申诉。若企业拒不改正，可向劳动监察大队投诉或申请仲裁，主张继续履行合同或赔偿金。
• 对企业：建议完善考勤制度，明确异常处理流程（如系统故障时以人工签到为准），并定期组织员工学习。处罚前应听取员工陈述，保留书面记录，避免程序违法。

示例：某员工因公司考勤机故障未打卡，公司直接按旷工扣发工资。员工提供故障发生时的监控录像（显示其正常到岗）后，仲裁委认定公司处罚违法，责令补发工资并支付25%赔偿金。

如有具体考勤规则或处罚案例，可进一步向我咨询，我会结合细节分析合法性。