结论：老板称员工违规操作并不能直接否定工伤事实，是否构成工伤需依据法律规定进行认定。以下从多个角度为你详细分析：
一、工伤认定的基本原则
根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。脚趾骨折发生在上班期间，且与工作相关，初步符合工伤认定的基本条件。老板称员工违规操作，这并不影响工伤认定的基本原则，即只要是在工作时间、工作场所内，因工作原因受伤，就应当被认定为工伤。
二、违规操作与工伤认定的关系
违规操作不必然排除工伤认定：
- 即使员工存在违规操作，只要其受伤是在工作时间、工作场所内，且因工作原因导致，仍然有可能被认定为工伤。违规操作可能会影响责任划分，但并不影响工伤认定的基本事实。
违规操作可能影响责任比例：
- 如果员工确实存在违规操作，且该违规操作与受伤之间存在因果关系，那么在工伤赔偿时，可能会根据违规操作的严重程度，适当减轻用人单位的赔偿责任。但这并不意味着员工不能获得工伤赔偿，只是赔偿比例可能会有所调整。
三、应对老板说法的建议
收集证据：
- 尽快收集与工伤相关的证据，如医疗记录、工作记录、同事证言等，以证明受伤是在工作时间、工作场所内，且因工作原因导致。
申请工伤认定：
- 向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请，并提交相关证据材料。社会保险行政部门会根据法律规定和证据材料，对是否构成工伤进行认定。
寻求法律援助：
- 如果老板坚持认为员工违规操作，且拒绝承担工伤赔偿责任，可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。
四、可能的法律后果
如果认定为工伤：
- 员工将有权享受工伤保险待遇，包括医疗费用报销、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。
如果未认定为工伤：
- 员工可能需要通过其他途径（如民事诉讼）来维护自己的权益，但这将增加维权的难度和成本。
最后建议：面对老板的说法，不要慌张或放弃维权。及时收集证据、申请工伤认定，并在必要时寻求法律援助，是维护自己权益的有效途径。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。