当您在工作中遭遇小脚趾骨折，而工厂不愿为您申报工伤时，您完全有权利自行去申请工伤认定，以维护自己的合法权益。以下是我为您详细梳理的应对步骤和建议：

一、准备齐全的相关材料

1. 劳动合同：这是证明您与公司存在劳动关系的关键证据，务必确保其真实有效。
2. 医疗诊断证明：由正规医院出具，明确您小脚趾骨折的具体情况，包括受伤时间、部位、程度等。
3. 证人证言：如果事故现场有目击者，他们的证言将有助于更全面地还原事故经过，增强您申请工伤的说服力。

二、自行申请工伤认定

1. 了解申请流程：根据《工伤保险条例》规定，若用人单位未按规定提出工伤认定申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。
2. 填写申请表：认真填写《工伤认定申请表》，确保信息准确无误。
3. 提交材料：将准备好的劳动合同、医疗诊断证明、证人证言等材料一并提交给社会保险行政部门。

三、等待工伤认定结果

社会保险行政部门会在受理您的申请之日起60日内作出工伤认定的决定。如果受理的是事实清楚、权利义务明确的工伤认定申请，他们会在15日内就作出决定。

四、享受工伤保险待遇

如果最终认定为工伤，您就可以依法享受工伤保险待遇，包括医疗费用报销、停工留薪期工资待遇等，这将在一定程度上减轻您的经济负担。

五、应对公司不配合或有异议的情况

1. 劳动仲裁：如果公司不配合工伤认定或有异议，您可以通过劳动仲裁等法律途径来解决问题。在申请劳动仲裁时，您需要准备好劳动合同、医疗诊断证明等能证明劳动关系和受伤事实的证据材料。
2. 民事诉讼：对劳动仲裁结果不服的，您还可以向法院提起民事诉讼，要求公司承担相应的工伤赔偿责任。

六、注意事项

1. 及时申请：务必在工伤发生之日起1年内提出工伤认定申请，以免错过有效时间。
2. 保留证据：在整个过程中，要妥善保管好所有与工伤相关的证据材料，以备不时之需。
3. 寻求帮助：如果您在申请过程中遇到困难或疑问，可以咨询当地的社会保险行政部门或专业律师，他们将为您提供专业的指导和帮助。

面对工作中脚趾骨折公司不报工伤的情况，您不必过于担忧。只要按照上述步骤操作，并准备好相关证据材料，您完全有能力维护自己的合法权益。