结论：公司因交通事故扣员工百分之二十的工资是否合理，需根据具体情况判断。若交通事故非员工责任且未影响工作，公司扣工资通常不合理；若员工因交通事故请假或影响工作，公司扣工资可能合理，但需符合法律规定和公司制度。
分析说明：
非员工责任的交通事故：
- 如果交通事故并非员工的责任，且员工未因此请假或影响正常工作，那么公司扣减工资的行为通常是不合理的。员工有权获得全额工资，公司无权因非员工责任的交通事故而扣减工资。
员工责任的交通事故且影响工作：
- 请假情况：如果员工因交通事故需要请假，公司可能会根据请假天数和公司的请假制度来扣减工资。但扣减的比例和方式需符合法律法规和公司制度的规定，不能随意扣减。
- 未请假但影响工作：如果员工虽未请假，但因交通事故确实影响了工作，公司可能会根据实际情况对员工进行一定的处罚或扣减工资。然而，这种扣减也需合理且符合公司制度，不能过度扣减或滥用权力。
公司制度与法律法规：
- 公司制度：公司应制定明确的工资管理制度和请假制度，并在员工入职时进行告知。如果公司制度中明确规定了因交通事故等特殊情况扣减工资的比例和方式，且该制度不违反法律法规，那么公司可以按照制度执行。
- 法律法规：根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，公司扣减员工工资需有合法依据，且扣减比例需合理。如果公司无正当理由或过度扣减员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
特殊场景：
- 如果员工因交通事故导致伤残或长期无法工作，公司应按照相关法律法规和公司制度支付相应的工伤待遇或病假工资，而不是随意扣减工资。
行动建议：
- 与公司沟通：如果员工认为公司扣减工资的行为不合理，首先可以与公司进行沟通，了解扣减的具体原因和依据，并尝试协商解决。
- 查阅公司制度：员工可以查阅公司的工资管理制度和请假制度，了解公司对于因交通事故等特殊情况扣减工资的规定。
- 寻求法律援助：如果沟通无果或公司制度违反法律法规，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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