结论前置：驾驶员超速发生交通事故后，公司扣驾驶员工资是否合理，需根据具体情况分析。若事故非因驾驶员故意或重大过失导致，且公司规章制度或劳动合同中未明确规定此类情况下可扣工资，则公司扣工资行为可能不合理；反之，若公司有明确规定且扣罚符合规定，则可能合理。
分析说明：
劳动合同与规章制度：
- 首先，需查看驾驶员与公司签订的劳动合同以及公司的规章制度中，是否有关于交通事故后工资扣罚的明确规定。
- 若劳动合同或规章制度中明确规定了因驾驶员超速导致交通事故需扣罚工资，且该规定不违反法律法规，则公司扣工资行为有合理依据。
事故责任与过失：
- 需分析交通事故的具体责任归属，判断驾驶员是否存在故意或重大过失。
- 若驾驶员超速行驶是出于紧急避险、避免更大损失等合理原因，且事故并非其故意或重大过失导致，则公司扣工资行为可能缺乏合理性。
- 若驾驶员明知超速行驶存在安全隐患仍故意为之，或存在其他重大过失导致事故，则公司根据规章制度扣罚工资可能具有合理性。
法律法规与劳动者权益：
- 根据《劳动法》等相关法律法规，劳动者的合法权益受法律保护，包括工资收入等。
- 公司扣罚工资需有合法合理的依据，不能随意扣罚。
- 若公司扣工资行为缺乏合理依据，驾驶员可依法维护自己的合法权益，如与公司协商、申请劳动仲裁等。
总结与建议：
- 驾驶员超速发生交通事故后，公司扣工资是否合理需综合考虑劳动合同、规章制度、事故责任及过失、法律法规等多方面因素。
- 若驾驶员认为公司扣工资行为不合理，可与公司进行沟通协商，要求公司提供扣罚依据；若协商无果，可依法申请劳动仲裁或提起诉讼维护自己的合法权益。
- 同时，建议驾驶员在驾驶过程中严格遵守交通规则，确保行车安全，避免发生交通事故。