辞职时单位扣20%工资一般是不合法的，除非存在特定情形或劳动合同中有合法且公平的特殊约定。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、一般情况下的工资支付规定
根据我国《劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动者依法享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。具体来说，《劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在此情况下，用人单位应在解除劳动合同时一次性付清劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。
二、特定情形下扣除工资的合法性
尽管一般情况下用人单位不得扣减工资，但在以下特定情形下，扣除工资可能是合法的：
经济损失赔偿：如果劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这里的关键是，扣除的比例和剩余工资的标准都有明确规定，且扣除是基于劳动者给用人单位造成的实际经济损失。
代扣代缴费用：用人单位有权代扣代缴应由劳动者个人负担的各项社会保险费用、个人所得税等法律规定的费用。这些费用的扣除是法定的，且通常不会达到工资的20%。
特殊约定：如果双方在劳动合同中有特殊约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时遵循公平合理原则，那么可以按照约定执行。但此类特殊约定需确保不损害劳动者的合法权益，且通常不会将扣除比例设定得过高。
三、维权途径与建议
如果用人单位无正当理由扣除了你的工资，你可以采取以下措施来维护自身权益：
协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，要求其说明扣工资的原因，并足额支付被扣减的工资。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门会责令用人单位限期支付克扣的工资，并可能要求用人单位按应付金额的一定比例向你加付赔偿金。
申请仲裁与诉讼：你还可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及经济补偿。在申请仲裁时，需提供充分的证据如劳动合同、工资条等。如果仲裁裁决书生效后用人单位仍不履行义务，你可以向法院申请强制执行。
总结来说，除非存在特定情形或劳动合同中的特殊约定，否则用人单位在劳动者辞职时扣20%工资是不合法的。作为劳动者，你应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护这些权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。