结论是：9月份辞职时，公司扣8月份工资的20%是否合理，需根据具体情况判断，一般情况下，若无合法依据，此做法不合理。
一、从劳动合同和公司规章制度的角度分析
劳动合同约定：
- 首先，要查看你与公司签订的劳动合同中是否有关于工资扣除的条款。如果合同中明确规定了在某些情况下（如辞职、违反公司规定等）可以扣除一定比例的工资，并且这种扣除不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除工资的行为可能是有合同依据的。
- 但，如果合同中没有相关约定，或者约定不明确，公司就不能随意扣除工资。
公司规章制度：
- 其次，要考察公司的规章制度中是否有关于工资扣除的规定。如果规章制度经过民主程序制定，并且已经向你公示或告知，且内容不违反法律法规，那么公司可能依据规章制度扣除工资。
- 然而，如果规章制度未经民主程序制定，或者未向你公示或告知，或者内容违反法律法规，那么公司不能依据规章制度扣除工资。
二、从法律法规的角度分析
《中华人民共和国劳动法》：
- 根据《劳动法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果公司无正当理由扣除你的工资，那么这种行为可能违反了《劳动法》的规定。
《工资支付暂行规定》：
- 根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
- 显然，你9月份辞职时公司扣8月份工资的20%并不属于上述可以代扣工资的情况。
三、建议与后续行动
与公司沟通：
- 你可以先与公司进行沟通，了解扣除工资的具体原因，并要求公司提供相关的合同依据或规章制度。
向劳动监察部门投诉：
- 如果公司无法提供合法依据，或者你认为公司的扣除行为不合理，你可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并维护你的合法权益。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉无果，你还可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径解决争议。
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