结论前置：未干满三个月辞职公司扣除总工资的20%这一做法，一般是不合理的，且可能违反相关法律法规。以下从多个角度进行分析：

一、法律法规角度

1. 《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：

   • 根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这意味着，劳动者在符合法定条件的情况下，有权解除劳动合同，且不需要承担额外的赔偿责任（除非劳动合同中有特别约定，且该约定不违反法律法规）。
   • 同时，《劳动合同法》第二十二条和第二十三条对劳动者承担违约金的情形进行了明确限制，仅限于违反服务期约定和竞业限制约定两种情况。因此，除非劳动合同中有特别约定，且该约定符合法律法规的规定，否则用人单位不得随意扣除劳动者的工资作为违约金或赔偿金。

2. 工资支付的相关规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位不得随意扣除劳动者的工资，除非有法律法规的明确规定或劳动合同的特别约定。

二、实际操作角度

1. 劳动合同的约定：

   • 如果劳动合同中明确约定了未干满一定期限辞职需要扣除一定比例的工资作为违约金或赔偿金，且该约定不违反法律法规的规定（如符合服务期约定或竞业限制约定的情形），那么用人单位可能有权按照约定扣除工资。但在本案例中，扣除总工资的20%作为违约金或赔偿金，很可能超出了法律法规允许的范围。

2. 用人单位的规章制度：

   • 即使用人单位的规章制度中规定了未干满一定期限辞职需要扣除工资，该规章制度也必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者。否则，该规章制度对劳动者不具有约束力。

三、建议与后果

1. 建议：

   • 如果你遇到了这种情况，首先应当查看劳动合同和用人单位的规章制度，了解是否有相关约定或规定。
   • 如果没有相关约定或规定，或者约定/规定违反了法律法规，你可以向用人单位提出异议，并要求其按照法律法规的规定支付工资。
   • 如果用人单位拒绝支付或协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 可能的法律后果：

   • 如果用人单位随意扣除劳动者的工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、加付赔偿金等。
   • 同时，劳动者也有权要求用人单位支付被扣除的工资及相应的经济补偿。

综上所述，未干满三个月辞职公司扣除总工资的20%这一做法，一般是不合理的，且可能违反相关法律法规。如果你遇到了这种情况，建议按照上述建议进行处理，以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。