结论：没做满三个月扣20%工资的行为，一般是不合法的，但具体还需结合实际情况和劳动合同中的相关条款来判断。

分析说明：

1. 从法律规定角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 如果劳动合同中没有明确约定“没做满三个月扣20%工资”的条款，或者该条款违反了法律、行政法规的强制性规定，那么这样的条款是无效的，用人单位不能据此扣除劳动者的工资。

2. 从劳动合同约定角度：

   • 如果劳动合同中确实存在“没做满三个月扣20%工资”的约定，我们需要进一步审查该约定的合法性和合理性。
   • 合法性方面，该约定不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
   • 合理性方面，即使劳动合同中有这样的约定，但如果扣除的工资比例过高，或者对劳动者来说显失公平，那么这样的约定也可能被认定为无效或可撤销。在实际操作中，法院或劳动仲裁机构会根据具体情况来判断该约定的合理性。

3. 从实际操作角度：

   • 如果用人单位确实存在扣除劳动者工资的行为，劳动者有权向用人单位提出异议，并要求用人单位说明扣除工资的理由和依据。
   • 如果用人单位无法提供合理的解释或依据，或者劳动者认为用人单位的行为违反了法律规定或劳动合同的约定，那么劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

行动建议：

• 如果你遇到了这样的情况，首先应当仔细审查你的劳动合同，看看是否有关于“没做满三个月扣20%工资”的约定。
• 如果没有这样的约定，或者你认为这样的约定不合法、不合理，那么你可以向用人单位提出异议，并要求用人单位立即停止扣除你的工资。
• 如果用人单位拒绝改正，或者你认为自己的权益受到了严重侵害，那么你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

后续思考依据：

• 在处理此类纠纷时，关键在于审查劳动合同中的相关条款是否合法、合理，以及用人单位的行为是否违反了法律规定或劳动合同的约定。
• 劳动者应当了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益，不要因为害怕麻烦或担心失去工作而选择沉默。

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