结论前置：没有干满3个月扣1000元是否合法，这主要取决于劳动合同或公司规章制度中的具体约定，以及该约定是否符合法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
劳动合同或规章制度中的约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了“未干满3个月需扣除1000元”的条款，并且该条款在签订时已经向劳动者明确告知，且劳动者对此表示同意，那么从合同自治的角度来看，这一条款在双方之间是具有约束力的。但即便如此，该条款也不能违反法律法规的强制性规定。
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 如果用人单位以“未干满3个月”为由扣除劳动者工资，且该扣除行为没有合理的依据（如劳动者存在过错、违反公司规章制度等），或者扣除的金额超过了法律法规允许的范围，那么这种扣除行为就是违法的。
- 具体来说，如果扣除的1000元工资使得劳动者的实际工资低于了当地的最低工资标准，或者该扣除行为没有经过劳动者的同意，或者违反了劳动合同中的其他约定，那么用人单位就可能面临法律责任。
实际操作中的建议：
- 对于劳动者而言，如果遇到用人单位以“未干满3个月”为由扣除工资的情况，首先应当查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解是否有相关约定。
- 如果认为用人单位的扣除行为违法或不合理，可以与用人单位进行协商，要求其纠正错误并支付应得的工资。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
举例说明：
假设劳动者小张与某公司签订了劳动合同，约定月工资为5000元，但合同中同时规定“未干满3个月需扣除1000元”。如果小张在工作了2个月后离职，公司按照合同约定扣除了1000元工资。此时，小张可以查看当地的最低工资标准，如果扣除后的工资仍然高于最低工资标准，且小张在离职时没有违反公司规章制度或造成公司损失，那么该扣除行为可能仍然存在争议，因为即便合同有约定，也不能完全排除其违法性（如违反公平原则或显失公平等）。如果小张认为该扣除行为违法，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结与建议：
没有干满3个月扣1000元是否合法，需要综合考虑劳动合同或公司规章制度中的约定以及法律法规的强制性规定。如果用人单位的扣除行为违法或不合理，劳动者应当积极维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。