结论：合同中约定没干满6个月扣1000元，这一条款是否合理，需结合具体情况判断，但多数情况下可能因违反法律规定而无效。
一、从合同效力角度分析
违反法律强制性规定的条款无效：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者约定的劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项，不得违反法律、行政法规的强制性规定。若合同中约定的“没干满6个月扣1000元”属于对劳动者经济利益的非法剥夺，且没有法律依据支持，则该条款可能因违反法律强制性规定而无效。
显失公平的条款可撤销：
- 如果该条款明显对劳动者不利，且劳动者在签订合同时处于弱势地位，缺乏足够的议价能力，那么该条款可能构成显失公平。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，显失公平的合同条款，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销。
二、从实际操作角度分析
用人单位不得随意扣款：
- 即使合同中有此约定，用人单位也不得随意扣款。根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资，除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但即使如此，每月扣除的部分也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
劳动者有权维权：
- 如果用人单位违反合同约定或法律规定扣款，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣的工资，并可能获得相应的赔偿。
三、建议与措施
审查合同条款：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于工资、扣款、违约责任等方面的约定，确保自己的合法权益不受侵害。
保留证据：
- 劳动者应保留好与用人单位签订的劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以便在发生纠纷时维护自己的权益。
及时维权：
- 如果发现用人单位有违法行为或违反合同约定，劳动者应及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，避免超过时效而无法维权。
举例说明：假设小张与某公司签订了劳动合同，合同中约定“没干满6个月扣1000元”。小张工作了5个月后因个人原因离职，公司依据合同约定扣除了1000元。此时，小张可以审查该条款是否违反法律强制性规定或是否显失公平。如果认为该条款无效或可撤销，小张可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还被扣的工资。
总结：合同中约定“没干满6个月扣1000元”的条款，在多数情况下可能因违反法律规定或显失公平而无效。劳动者在签订合同时应仔细审查条款，保留好相关证据，并在发现用人单位有违法行为时及时维权。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。