结论前置：没做满一个月扣三天工资是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于用人单位是否有合法合理的依据、是否遵循了相关程序以及是否符合法律法规的规定。以下从合法与不合法两种情况为您详细分析：
合法情况
规章制度依据明确且程序合法：
- 若用人单位通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示，明确规定在某些情形下（如旷工、迟到早退达到一定次数等）可以扣除相应工资，且扣除三天工资的行为符合该制度规定，则此扣除行为具有合法性基础。这是用人单位行使用工管理自主权的重要体现，旨在维护正常的生产经营秩序。例如，公司规章制度中明确规定，员工旷工一天扣除三天工资，员工确实存在旷工行为，且该制度已向员工公示，那么公司扣除三天工资的行为就是合法的。
劳动者原因造成经济损失：
- 若劳动者因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若扣除三天工资未超过上述限制，且符合劳动合同约定，则此扣除行为合法。比如，员工因操作失误导致公司设备损坏，公司根据劳动合同约定，从员工工资中扣除部分赔偿费用，且扣除后员工工资仍不低于当地最低工资标准，那么这种扣除就是合法的。
员工请事假或法定代扣：
- 员工请事假期间，用人单位有权不支付该期间工资，这不属于“扣工资”范畴，而是正常的工资计发方式。若员工请了三天事假，公司不支付这三天工资，是合法的。
- 法律法规明确规定的其他情况，如法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等，用人单位也可依法代扣。若公司根据法院判决，从员工工资中代扣抚养费，且代扣金额合理，那么这种代扣也是合法的。
不合法情况
缺乏规章制度依据或程序不合法：
- 若用人单位没有制定合法有效的规章制度，或虽有制度但未经过民主程序制定及公示，或扣除理由与规章制度不符，则扣除工资行为缺乏合法性基础。例如，公司没有制定任何关于扣除工资的规章制度，却无故扣除员工三天工资，这种行为就是违法的。
无故克扣工资：
- 在劳动者正常工作、无违规违纪行为的情况下，用人单位无故克扣三天工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若员工正常出勤，没有违反公司规定，公司却无故扣除其三天工资，这种行为就是违法的。
劳动者应对措施
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。若公司无法提供合理依据，劳动者有权要求公司支付被扣工资。
- 投诉举报：若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。劳动监察部门会依法进行调查处理，维护劳动者的合法权益。
- 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。劳动仲裁或诉讼是解决劳动争议的重要途径，劳动者可以依法申请仲裁或提起诉讼，要求公司支付被扣工资及相应的经济补偿。
综上所述，没做满一个月扣三天工资是否合法需根据具体情况判断。劳动者应了解相关法律法规，保护自己的合法权益；用人单位也应遵守法律规定，合理行使用工管理权。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。