结论：干不够三个月扣1000块钱这一做法，在大多数情况下是违法的。以下从不同角度进行分析：
法律背景与规定
《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 除此之外，劳动合同法并未规定其他情况下用人单位可以扣除劳动者工资作为违约金或罚款。
《工资支付暂行规定》的相关规定：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 这一规定明确了用人单位在劳动者造成经济损失时，可以扣除工资作为赔偿，但有限额和条件限制，并未允许用人单位因劳动者未工作满一定期限而扣除工资。
具体分析
若用人单位以“未工作满三个月”为由扣除1000元：
- 这种做法缺乏法律依据。除非双方在劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如上述提到的培训服务期约定或经济损失赔偿约定），否则用人单位无权扣除劳动者工资。
- 在实践中，即使劳动合同中有类似约定，也可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。
若用人单位确实因劳动者原因遭受了经济损失：
- 用人单位可以依据《工资支付暂行规定》第十六条的规定，要求劳动者赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但扣除的金额和方式需严格遵守法律规定，不得随意扣除或超额扣除。
法律建议
对于劳动者：
- 若遇到用人单位以“未工作满一定期限”为由扣除工资的情况，应首先查看劳动合同中是否有相关约定。
- 若无约定或约定违法，劳动者有权拒绝扣除，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 应严格遵守法律法规的规定，不得随意扣除劳动者工资。
- 若确实需要与劳动者约定服务期或经济损失赔偿等事项，应在劳动合同中明确约定，并确保约定内容合法合规。
综上所述，干不够三个月扣1000块钱这一做法，在大多数情况下是违法的。用人单位应严格遵守法律法规的规定，不得随意扣除劳动者工资。劳动者在遇到此类情况时，也应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。