用人单位仅以劳动者工作不满三个月为由扣除其工资，通常是违法的。以下是对此问题的详细法律分析与应对措施：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确了劳动者享有按时足额获得工资报酬的权利，用人单位不得随意克扣。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬，劳动者有权依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
特殊情况说明
尽管一般情况下，用人单位不得以工作不满三个月为由扣除工资，但也存在一些特殊情况，如：
经济损失赔偿：如果劳动者因自身原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需遵循严格的原则，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
试用期解除劳动合同：劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。在此情况下，用人单位应当结清劳动者工资，不得因劳动合同解除而随意克扣。
应对措施
面对用人单位以工作不满三个月为由扣除工资的情况，劳动者可以采取以下措施维护自己的权益：
协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，要求其补发被扣除的工资。这是解决纠纷最直接且成本较低的方式。在协商过程中，劳动者可以明确表达自己的诉求，并引用相关法律法规作为依据。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查和处理，确保劳动者的合法权益得到保障。
提起劳动仲裁或诉讼：若投诉仍无法解决问题，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼。通过法律程序，劳动者可以要求用人单位承担法律责任，并追回被扣除的工资。在此过程中，劳动者需要准备充分的证据，如劳动合同、工资条、扣款通知等，以支持自己的主张。
总结与建议
综上所述，干不满三个月扣工资通常是不合法的。用人单位应严格遵守相关法律法规，按时足额支付劳动者的工资。劳动者在遭遇此类不合法情况时，应积极采取措施维护自己的合法权益。如果劳动者在处理此类纠纷时遇到困难或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。