结论：工作不满三个月公司扣除百分之二十的工资，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，若无合法依据，公司的这种做法是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同的角度分析
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了“工作不满一定期限（如三个月）离职，公司有权扣除一定比例（如百分之二十）的工资”这样的条款，我们需要进一步审查该条款的合法性。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同中的条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。如果该条款违反了这些原则，那么该条款是无效的，公司不能依据此条款扣除工资。
无约定或约定违法：
- 如果劳动合同中没有这样的约定，或者约定本身违法，那么公司扣除工资的行为就缺乏合法依据，是不合法的。
二、从工资支付规定的角度分析
工资支付原则：
- 根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 这意味着，除非有法律、行政法规的明确规定，或者劳动合同中有合法有效的约定，否则公司不得随意扣除劳动者的工资。
扣除工资的合法情形：
- 即使需要扣除工资，也必须是基于合法的原因，如劳动者因个人原因给公司造成经济损失、违反公司规章制度等，并且扣除的金额也有严格的限制。
- 在没有这些合法原因的情况下，公司扣除百分之二十的工资显然是不合法的。
三、从实际操作和维权的角度分析
与公司协商：
- 如果公司确实存在扣除工资的行为，劳动者首先可以尝试与公司进行协商，了解扣除工资的具体原因，并要求公司提供合法的依据。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查，并维护自己的合法权益。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。
建议：
- 劳动者在入职时，应仔细阅读劳动合同中的条款，特别是关于工资支付和扣除的部分，确保自己的权益不受侵害。
- 如果公司存在扣除工资的行为，劳动者应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、公司通知等，以便在维权时使用。
- 有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，提供更详细的法律建议和帮助。