公司扣员工20%工资是否合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

合法的情况

1. 规章制度明确规定且合理：若公司依法制定的规章制度中明确规定了特定情形下可以扣除员工工资的比例（包括20%），并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示告知，同时确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，则此种扣除行为是合法的。

2. 员工本人同意：在员工与公司协商一致的基础上，员工书面同意在特定事项下从工资中扣除20%（或其他比例），且不违反法律法规强制性规定的情况下，这种约定也是有效的。

3. 经济损失赔偿：根据《工资支付暂行规定》，若员工因本人原因给公司造成经济损失，公司可按劳动合同约定要求其赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

不合法的情况

1. 缺乏制度依据或未经民主公示程序：若公司没有合法有效的规章制度作为依据，或虽有规定但未履行民主程序和公示告知义务，擅自扣除员工工资20%，则为违法行为。

2. 扣除后低于最低工资标准：即使存在合法规章制度，但若扣除后员工工资低于当地最低工资标准，该扣除行为同样违法。

3. 无正当理由扣除：若不存在员工过错、违反规章制度等正当理由，公司无故扣除员工工资20%，明显属于违法行为。

员工应对措施

面对公司可能存在的非法扣除工资行为，员工可以采取以下措施维护自身权益：

1. 与公司协商解决：首先尝试与公司沟通协商，了解扣除的具体原因和依据，表达自己的意见和诉求。

2. 向劳动行政部门投诉：若协商无果，可向当地的劳动保障监察机构投诉举报，寻求政府部门的帮助和支持。

3. 申请劳动仲裁：在必要时，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，公司扣员工20%工资是否合法，取决于扣除行为是否符合法律法规和公司规章制度的规定。员工在面对此类问题时，应了解自己的权利和义务，采取合适的措施维护自身权益。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。