结论：一次性伤残补助金差额能否要回，需分情况讨论，关键在于诉讼时效的起算点及是否存在中断、中止情形。若从权利被侵害之日起已超两年但未满三年，且无时效中断/中止事由，则可能丧失胜诉权；若存在法定事由导致时效未届满，仍可主张权利。

1. 诉讼时效的法律规定

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，民事诉讼时效一般为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但若涉及工伤保险待遇纠纷，需结合《劳动争议调解仲裁法》第二十七条的特殊规定：

• 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算；
  
• 若劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，时效自劳动关系终止之日起一年内提出。
  

关键点：一次性伤残补助金属于工伤保险待遇，若用人单位未足额支付，通常适用一年仲裁时效。但若您已通过劳动仲裁或诉讼主张权利，时效可能因程序进行而中断或重新计算。

2. “过了两年但未满三年”的效力分析

• 若适用一年仲裁时效：
  若您在权利被侵害后未在一年内申请仲裁，且无时效中断（如向用人单位主张权利、向有关部门投诉等）或中止（如不可抗力）情形，则超过时效后主张权利可能被驳回。
  但若您在一年内申请过仲裁，或时效因法定事由中断/中止，则时效可能未届满，仍可主张差额。

• 若适用三年诉讼时效：
  若您直接以民事侵权为由起诉（如用人单位故意少报缴费基数导致补助金减少），且自知道权利被侵害之日起未满三年，则仍可主张权利。但需注意，工伤保险待遇纠纷通常需先经过劳动仲裁前置程序。

3. 实务建议

1. 核查时效起算点：

   • 确认您何时知道或应当知道补助金存在差额（如收到社保部门核定金额通知、与用人单位协商时明确差额等）；
     
   • 若存在时效中断情形（如多次向用人单位主张、向劳动监察部门投诉等），需保留书面证据（如聊天记录、投诉回执等）。
     

2. 尽快采取行动：

   • 若时效未届满，立即向用人单位所在地劳动仲裁委员会申请仲裁，主张差额部分；
     
   • 若已超时效，可尝试以“存在时效中断情形”或“用人单位恶意隐瞒”等理由抗辩，但需充分举证。
     

3. 证据收集：

   • 保留社保部门核定的补助金金额证明、用人单位缴费基数记录、工伤认定书、劳动能力鉴定结论等材料；
     
   • 若用人单位曾承认差额（如书面协议、录音等），可作为关键证据。
     

总结：能否要回差额需结合时效起算点、中断事由及证据充分性综合判断。建议您尽快梳理相关材料，若对时效计算或程序有疑问，可直接向我咨询，我会根据具体细节为您进一步分析。