结论：一般情况下，若一次性伤残就业补助金已按协议金额赔付完毕，超过1年后通常不能再起诉公司，但存在例外情形。以下为具体分析：

1. 协议合法有效且无瑕疵

   • 如果双方签订的关于一次性伤残就业补助金赔付的协议，是在平等、自愿、公平的基础上达成的，协议内容不违反法律法规的强制性规定，也不存在欺诈、胁迫、乘人之危等导致协议可撤销的情形，同时协议明确约定了赔付金额且公司已按照协议金额履行完毕赔付义务。
   • 那么在这种情况下，该协议对双方具有法律约束力，员工在超过1年后通常不能再以任何理由起诉公司要求重新赔付或增加赔付金额。因为从法律上讲，双方的权利义务已经通过协议确定并履行完毕，不存在再行主张的法律依据。

2. 协议存在可撤销或无效情形

   • 可撤销情形：如果协议是在员工受到欺诈、胁迫或者乘人之危的情况下签订的，例如公司以不实信息误导员工签订较低赔付金额的协议，或者以威胁手段迫使员工接受不合理的赔付条件，员工有权在知道或者应当知道撤销事由之日起一年内请求人民法院或者仲裁机构撤销该协议。
   • 无效情形：若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，例如协议中约定的赔付金额明显低于法定标准且没有合理理由，该协议自始无效。在协议被撤销或认定无效后，员工可以要求公司按照法定标准重新赔付一次性伤残就业补助金，不受一年期限的限制，但需要提供充分的证据证明协议存在可撤销或无效的情形。

3. 公司未完全履行协议义务

   • 如果协议中约定了公司分阶段或按一定条件履行赔付义务，而公司在超过1年后仍未完全履行，例如协议约定公司分两次赔付，第一次已赔付但第二次未按照约定时间赔付。
   • 那么员工可以在公司未履行义务的范围内，要求公司继续履行赔付义务，此时不受一年期限的限制，但需要证明公司确实存在未履行协议义务的事实。

4. 发现新的事实或证据

   • 如果在超过1年后，员工发现了新的事实或证据，能够证明之前按照协议赔付的金额明显低于其应得的一次性伤残就业补助金，且该新事实或证据在签订协议时无法预见或获取。
   • 例如，之后出台了新的法律法规提高了伤残就业补助金的计算标准，或者发现公司在计算伤残等级时存在错误导致赔付金额过低等，员工可以基于新的事实或证据向公司主张权利，但这种情况较为特殊，需要严格的证据支持。