企业申请特殊工时制且员工无异议时，需在申请材料中明确体现员工同意的内容，并附上相关证明文件。以下是具体操作建议：

1. 员工同意声明
   企业应准备一份书面声明，明确说明员工已知悉并同意企业申请特殊工时制（如综合计算工时制或不定时工作制）。声明中需包含以下要素：

   • 员工姓名、身份证号、岗位名称；
     
   • 明确同意的工时制度类型（如“同意实行综合计算工时工作制”）；
     
   • 员工签字及日期（需本人手写签字，不可代签）；
     
   • 企业盖章确认声明真实性。
     

2. 集体协商记录（如适用）
   若企业通过职工代表大会或工会与员工集体协商，需保留会议记录、签到表及协商结果文件，证明员工方已参与讨论并达成一致。

3. 员工知情权保障
   企业需在申请前向员工公示特殊工时制的实施方案，包括：

   • 适用岗位、综合计算周期（如按季度计算工时）；
     
   • 加班工资计算方式（如综合计算周期内总工时超标部分的支付标准）；
     
   • 休息休假安排（如轮休、调休规则）。
     公示可通过公告栏、内部系统或邮件发送，并留存公示照片或员工确认回执。
     

4. 申请材料整合
   将上述文件作为附件提交至劳动行政部门，并在申请表中注明“员工无异议”。例如：

   “本单位已就实行特殊工时制与员工充分沟通，员工均表示同意，并签署书面声明（见附件X）。”

注意事项：

• 员工同意需真实自愿，企业不得通过胁迫、欺骗等方式获取同意；
  
• 特殊工时制需符合行业特点（如交通、旅游、医疗等岗位），企业需说明合理性；
  
• 审批通过后，企业应将批复文件公示并告知员工，避免后续纠纷。
  

若企业未妥善处理员工同意程序，可能导致申请被驳回或后续劳动争议。如有具体行业或岗位细节需进一步分析，可直接向我咨询。