用人单位若想要证明对职工实行了特殊工时制，如不定时工作制或综合计算工时工作制，需要遵循一系列明确的流程和提供相应的证明材料。以下是一个详细且清晰的解答：
一、特殊工时制的设立依据
首先，用人单位需要明确特殊工时制的设立是有法律依据的，主要包括：
二、实行特殊工时制的条件
用人单位需要证明其符合实行特殊工时制的条件，这通常包括：
不定时工作制：适用于高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的劳动者；长途运输人员、出租汽车司机等需机动作业的劳动者；以及其他因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，适合实行不定时工作制的劳动者。
综合计算工时工作制：适用于交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的劳动者；地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分劳动者；以及其他因生产工作需要，适合实行综合计算工时工作制的劳动者。
三、申请与审批流程
用人单位需要按照以下流程申请并获得审批，以证明其实行了特殊工时制：
确定实施岗位：明确哪些岗位需要实行特殊工时制。
向职工说明：向职工说明申请理由、涉及岗位的工作时间和休息休假安排。
征得同意：征得企业工会或职工代表同意，或职工本人同意。
准备申请材料：包括企业法人营业执照、组织机构代码证复印件、岗位申报表及岗位说明、工会或职工代表大会意见、劳动合同备案复印件等。
提交申请：向人力资源社会保障部门提交实行不定时工作制或综合计算工时工作制的书面申请及相关材料。
取得批准决定：经审查符合条件的，办理批复；不符合条件的，不予审批，并告知理由。
四、证明材料
在获得审批后，用人单位应保留以下证明材料以证明其实行了特殊工时制：
审批文件：人力资源社会保障部门出具的批准实行特殊工时制的文件。
劳动合同与集体合同：与劳动者在劳动合同和集体合同里约定实行不定时或者综合计算工时制的条款。
职工同意证明：如职工代表大会同意实行特殊工时制的决议、职工本人同意的书面证明等。
五、注意事项
用人单位必须严格按照审批的范围和时效实行特殊工时制，未经审批自行实行或未按批复范围和时效实行的，将依法追究法律责任。
用人单位应确保特殊工时制的实施不违反劳动法律法规，保障劳动者的合法权益。
综上所述，用人单位要证明对职工实行了特殊工时制，需要遵循明确的流程、提供充分的证明材料，并确保实施过程符合法律法规的要求。