异地企业申请特殊工时，需要按照相关规定向企业所在地的劳动行政部门提出申请。以下是详细分析：

一. 特殊工时的申请

1. 申请主体：根据劳动法的相关规定，企业需要向劳动行政部门申请特殊工时制度。这里的“企业”指的是用人单位，无论其注册地与实际经营地是否一致。
2. 申请地点：申请特殊工时制度应向企业所在地的劳动行政部门提出。对于异地企业，即注册地与实际经营地不一致的企业，申请应在实际经营地的劳动行政部门进行。
3. 申请材料：申请特殊工时制度时，企业需要提交一系列材料，包括但不限于企业的基本情况、特殊工时制度的实施方案、员工的意见等。这些材料应真实、完整，并符合当地劳动行政部门的要求。

二. 特殊工时的审批

1. 审批流程：劳动行政部门在收到企业的申请后，会对申请材料进行审查。审查内容主要包括企业是否符合申请特殊工时制度的条件、实施方案是否合理等。
2. 审批结果：如果企业的申请符合相关规定，劳动行政部门会批准企业的特殊工时制度申请，并颁发相应的批准文件。如果申请不符合规定，劳动行政部门会告知企业并说明理由。

三. 特殊工时的实施

1. 实施要求：企业在获得特殊工时制度的批准后，应严格按照批准的方案实施。同时，企业应确保员工的权益不受侵害，如合理安排工作时间、保障员工休息等。
2. 监督与管理：劳动行政部门会对实施特殊工时制度的企业进行监督和管理，确保企业遵守相关规定。如果企业违反规定，劳动行政部门有权进行处罚。

我建议：异地企业在申请特殊工时制度时，应首先了解并遵守当地的相关规定。同时，企业应确保申请材料的真实性和完整性，以提高审批通过率。在实施特殊工时制度时，企业应严格遵守批准的方案，并保障员工的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。