分公司是可以申请特殊工时行政许可的。这一结论可以从以下两个方面进行详细阐述：

一、法律依据与政策支持

根据《中华人民共和国劳动法》以及《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》(劳部发〔1994〕503号)的相关规定，企业（包括其分公司）在符合特定条件的情况下，可以申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制。这些规定为分公司申请特殊工时行政许可提供了明确的法律依据和政策支持。

二、实际案例与操作流程

从实际案例来看，已有分公司成功申请到特殊工时行政许可。例如，海南三林旅业开发有限公司澄迈富力希尔顿逸林酒店管理分公司和广州富邻商业运营有限公司海口分公司都曾获得相关行政许可，实行不定时工作制或综合计算工时工作制。这些案例表明，分公司只要按照规定的流程和要求提交申请材料，并经过相关部门的审核批准，就可以获得特殊工时行政许可。

具体操作流程可能包括：

1. 准备申请材料：分公司需要准备包括但不限于公司基本情况介绍、申请实行特殊工时的岗位及人员名单、实行特殊工时的具体方案（如工作时间安排、休息休假制度等）、职工意见征集情况等材料。

2. 提交申请：将准备好的申请材料提交给当地的人力资源和社会保障部门或相关行政审批机构。

3. 审核与批准：相关部门会对申请材料进行审核，并根据实际情况进行实地考察或召开听证会等。审核通过后，会颁发特殊工时行政许可证书。

4. 公告与执行：获得许可后，分公司需要按照许可的内容和要求执行特殊工时制度，并接受相关部门的监督和管理。

综上所述，分公司是可以申请特殊工时行政许可的，但需要遵循相关的法律法规和政策要求，并按照规定的流程和要求进行申请和执行。