结论：公司提出将每月涨的500元工资不算在常规工资内，而是年底统一发放，并要求签订协议确认，这一做法可能涉及多个法律层面的问题，需要谨慎对待。以下是对此问题的详细分析：
一、法律层面分析
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，工资通常应当按月发放，而不是集中在年底一次性发放（除非双方有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定）。
协议的法律效力：
- 如果公司要求签订协议，将每月涨的500元工资作为年底奖金或类似性质发放，该协议在双方自愿、平等、公平、诚实信用的基础上签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议是具有法律效力的。
- 但如果协议中存在不公平、不合理或违法的条款，如要求劳动者放弃某些法定权利、承担不合理的义务等，那么这些条款可能是无效的。
潜在风险：
- 对于劳动者而言，如果年底公司因各种原因（如经营不善、资金链断裂等）无法支付这笔款项，劳动者可能面临维权困难。因为这笔款项并非作为常规工资按月发放，而是作为年底奖金或类似性质发放，其法律性质可能有所不同，维权路径也可能更为复杂。
- 另外，如果协议中未明确约定支付条件、支付时间等关键条款，也可能导致双方在执行过程中产生争议。
二、建议与措施
谨慎签订协议：
- 在签订协议前，劳动者应仔细阅读协议条款，确保自己完全理解并同意协议内容。
- 如有疑问或不确定之处，应及时向公司提出并寻求解释或修改。
- 必要时，可以咨询专业律师或法律机构，以确保自己的权益得到充分保障。
明确约定关键条款：
- 在协议中，应明确约定这笔款项的性质（如年底奖金、额外津贴等）、支付条件（如公司盈利状况、个人绩效等）、支付时间（如具体日期或时间段）等关键条款。
- 这样可以减少双方在执行过程中的争议和误解。
保留相关证据：
- 劳动者应保留与这笔款项相关的所有证据，如工资单、银行转账记录、协议文本等。
- 这些证据在维权过程中可能起到关键作用。
关注公司经营状况：
- 劳动者应关注公司的经营状况和财务状况，以便及时了解公司是否有能力支付这笔款项。
- 如发现公司存在经营不善或资金链断裂等风险，应及时与公司沟通并寻求解决方案。
三、特殊情况考虑
- 如果公司提出这种安排是基于某种特殊的激励计划或绩效考核机制，且该计划或机制已经得到劳动者的明确同意，并且符合相关法律法规的规定，那么这种安排可能是合法的。但即便如此，劳动者也应谨慎考虑并确保自己的权益得到充分保障。
最后，我建议你根据自身情况和公司提出的方案，仔细评估风险并做出明智的决策。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。