在被告认可运输事实的情况下，原告提供的增值税发票金额能否被认定为运费，需分情况讨论：

1. 增值税发票与运费具有直接关联性
   若增值税发票明确载明“运输服务”或类似项目，且开票方为实际承运人（或与运输合同主体一致），同时发票金额与运输合同、运输单据（如提单、运单）记载的运费金额一致，则该发票可作为认定运费的有效证据。此时，被告对运输事实的认可进一步强化了发票的证明力，法院通常会直接采信发票金额作为运费认定依据。

2. 增值税发票存在形式瑕疵但实质合理
   若发票项目未明确标注“运输服务”，但结合以下证据可形成完整证据链：

   • 运输合同或口头协议证明双方存在运费约定；
     
   • 实际承运人出具的收据、付款记录等佐证运费实际发生；
     
   • 发票金额与市场合理运费范围相符，且被告未提出反证。
     在此情形下，法院可能综合全案证据认定发票金额为运费，但需原告承担更重的举证责任以排除合理怀疑。

3. 增值税发票与运费无实质关联
   若发票存在以下情形，则不能单独作为运费认定依据：

   • 发票项目为“货物销售”“服务费”等与运输无关的内容；
     
   • 开票方非实际承运人，且无证据证明资金流向与运费支付相关；
     
   • 发票金额明显高于市场合理运费，且原告无法合理解释差额。
     此时，即使被告认可运输事实，法院也可能要求原告补充运输合同、付款凭证等直接证据，否则可能仅部分采信或不予采信发票金额。

实务建议：
原告应尽量提供与增值税发票配套的运输合同、运单、付款记录等证据，形成“发票+基础交易文件”的证据组合，以增强运费认定的确定性。若发票存在形式瑕疵，可通过证人证言、行业惯例等辅助证据补强证明力。被告若对发票金额有异议，需在答辩期内提出反证（如市场运费调查报告、同类交易记录等），否则可能承担不利后果。