结论：原告能否按发票金额主张需分情况讨论，具体取决于合同履行情况、交易习惯及双方举证情况，但发票金额本身不直接等同于应付款金额。以下从不同角度展开分析：

1. 合同未约定税率时的法律适用原则

根据《民法典》第五百一十条，合同生效后未约定或约定不明的事项，可按以下顺序处理：

• 协议补充：双方可协商补充约定税率承担方式；
• 交易习惯：若行业或双方存在固定交易习惯（如含税价/不含税价），可参照执行；
• 法定规则：无补充协议或交易习惯时，需结合《增值税暂行条例》等税法规定判断。

关键点：税率承担属于合同价款条款的组成部分，未约定时需通过上述方式填补漏洞，而非直接以发票金额为准。

2. 发票金额的证明力分析

• 形式证明力：发票是法定的付款凭证（《发票管理办法》第三条），可证明交易发生及金额，但不直接证明税率承担主体；
• 实质证明力：若被告抗辩发票金额包含其不应承担的税款，需提供证据（如合同草案、沟通记录等）证明双方实际约定或行业惯例为不含税价。

举例：若合同总价100万元，原告开具13%增值税发票（金额113万元），但被告能证明双方约定价款为不含税价，则原告主张113万元可能被驳回。

3. 原告主张权利的实务建议

• 举证方向：
  • 证明合同实际履行中被告未对税率提出异议（如付款记录、对账单）；
  • 证明行业惯例为含税价（如行业协会文件、同类交易合同）；
  • 若被告曾按发票金额部分付款，可主张其以行为认可含税价。
• 风险防范：
  • 起诉时明确诉讼请求为“按合同实际价款（含税/不含税）支付”，避免直接以发票金额为唯一依据；
  • 申请法院责令被告提供反证（如税务申报记录、内部审批文件）。

4. 被告可能的抗辩路径

• 税率约定不明：主张合同价款为不含税价，税款应由原告承担；
• 发票不合规：若原告开具的发票与实际交易不符（如虚开），可主张排除发票证据效力；
• 已付部分款项：若被告已支付不含税价款，可主张剩余款项仅为税款部分。

总结：原告能否按发票金额主张需结合合同履行细节、双方举证及行业惯例综合判断。建议立即整理合同文本、沟通记录、付款凭证等证据，通过书面函件或诉讼方式固定争议焦点，避免因证据缺失导致败诉风险。如有进一步材料需要分析，可随时向我提供具体信息。