结论前置：公司裁员协议中补偿金额备注包含加班费，但加班费未按法定金额计算，这种情况是不合法的，您有权要求公司按照法定标准重新计算并支付加班费差额。
法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
这意味着，加班费是有明确的法定计算标准的，公司不能随意降低或忽略这一标准。
具体分析与建议
核查加班事实与记录：
- 首先，您需要核查自己的加班事实，包括加班的时间、日期、工作内容等，并尽可能收集相关的证据，如加班通知、工作记录、同事证言等。
- 同时，检查公司是否记录了您的加班情况，以及这些记录是否准确反映了您的实际加班时间。
计算法定加班费：
- 根据您的加班时间和工资水平，按照上述法律条款规定的标准，计算出您应得的加班费金额。
- 例如，如果您平时加班了10小时，且您的时薪为100元，那么您应得的加班费为10小时 × 150% × 100元/小时 = 1500元。
与公司协商：
- 将您计算出的法定加班费金额与公司协议中注明的加班费金额进行对比，如果存在差额，您可以与公司进行协商，要求公司按照法定标准支付加班费差额。
- 在协商过程中，您可以提供相关的证据和计算依据，以支持您的诉求。
申请劳动仲裁：
- 如果公司拒绝支付加班费差额，或者双方无法就加班费问题达成一致意见，您可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 在申请劳动仲裁时，您需要提交相关的证据和申请书，说明您的诉求和理由。劳动仲裁委员会将依法进行裁决，并保障您的合法权益。
可能的法律后果
- 如果公司未按照法定标准支付加班费，且经劳动仲裁或法院判决后仍不履行支付义务，公司可能面临被强制执行、支付滞纳金或罚款等法律后果。
- 同时，公司的这种行为也可能影响其信誉和形象，对未来的招聘和员工关系产生负面影响。
最后，我建议您在处理此类问题时保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。