结论：员工在未签劳动合同且工资未明确备注加班费的情况下申请仲裁要求加班费，公司可能面临支付加班费的风险，但具体是否需要支付及支付金额需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、未签劳动合同的法律后果

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这意味着，如果公司未与员工签订劳动合同，员工有权要求公司支付未签劳动合同期间的双倍工资差额。不过，这一条款与员工当前主张的加班费无直接关联，但可能作为员工仲裁请求的一部分。

二、加班费的认定与支付

1. 加班事实的认定：

   • 员工需要证明存在加班的事实，这通常可以通过考勤记录、工作记录、同事证言等方式来证明。
   • 如果员工能够提供充分的证据证明其存在加班行为，那么公司就有义务支付相应的加班费。

2. 加班费的计算：

   • 加班费通常根据员工的加班时长和工资标准来计算。
   • 如果工资条或银行流水等证据中未明确标注加班费，但员工能够证明加班事实，且公司无法提供相反证据证明已支付加班费，那么仲裁机构或法院可能会支持员工的加班费请求。
   • 计算公式：假设员工月工资为W，小时工资为\(W/21.75/8\)（21.75为月平均工作天数，8为日工作小时数），则加班费计算如下：
     • 工作日加班：\(小时工资 \times 150\% \times 加班小时数\)
     • 休息日加班且未安排补休：\(小时工资 \times 200\% \times 加班小时数\)
     • 法定节假日加班：\(小时工资 \times 300\% \times 加班小时数\)

3. 公司举证责任：

   • 在劳动争议中，用人单位负有举证责任，需要证明已支付加班费或不存在加班事实。
   • 如果公司无法提供充分的证据证明已支付加班费，那么仲裁机构或法院可能会倾向于支持员工的请求。

三、公司应对策略

1. 核查考勤记录与工资支付记录：

   • 公司应仔细核查员工的考勤记录和工资支付记录，确认是否存在加班事实以及是否已支付加班费。

2. 积极应诉与举证：

   • 如果公司认为已支付加班费或不存在加班事实，应积极准备相关证据进行应诉和举证。

3. 考虑和解或调解：

   • 在仲裁过程中，公司可以考虑与员工进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案，避免进一步的法律纠纷。

四、风险提示

• 如果公司确实存在未支付加班费的情况，且员工能够提供充分的证据证明加班事实，那么公司可能面临支付加班费及可能的经济补偿金等法律责任。
• 即使工资总额中包含了加班费，但如果未明确标注或无法证明，公司仍可能面临支付加班费的风险。

建议：公司应尽快核查相关记录，评估风险，并考虑与员工进行沟通协商或积极准备应诉材料。如有需要，可以直接向我咨询具体法律问题，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。