结论：公司要求员工停工待岗而员工不同意并继续打卡上班，若公司因此认定员工违章安排，员工可依据相关法律法规维护自身权益。以下从多个角度进行分析：
一、公司停工待岗的合法性分析
公司单方面停工待岗的合法性：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，公司单方面要求员工停工待岗，通常需要具备合理的理由，如生产经营困难、不可抗力等，并且需要与员工进行协商，达成一致意见。若公司未经协商单方面停工待岗，可能构成违法。
员工不同意停工待岗的权利：
- 员工有权拒绝公司单方面的停工待岗要求，并继续按照原劳动合同约定的工作内容和工作地点上班。员工继续打卡上班的行为，是维护自身劳动权益的正当表现。
二、公司认定员工违章安排的合法性分析
违章安排的认定：
- 公司若以员工不同意停工待岗并继续上班为由，认定员工违章安排，需要明确违章的具体内容。若员工的行为并未违反公司规章制度或劳动合同约定，则公司的认定可能缺乏法律依据。
公司规章制度的合法性：
- 即使公司规章制度中有关于停工待岗或员工行为的规定，也需要确保这些规定不违反法律法规的强制性规定，且已经过民主程序制定并公示或告知员工。否则，这些规定可能无效。
三、员工的法律权益及应对措施
继续履行劳动合同：
- 员工有权要求公司继续履行原劳动合同，提供正常的工作条件和劳动报酬。若公司拒绝，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
收集证据：
- 员工应收集相关证据，如劳动合同、公司停工待岗通知、员工继续上班的打卡记录等，以证明自己的权益受到侵害。
申请劳动仲裁：
- 若与公司协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付违法停工待岗期间的工资、经济补偿等。
寻求法律援助：
- 在劳动仲裁过程中，员工可以寻求专业律师的法律援助，以确保自己的权益得到充分维护。
四、可能的法律后果
公司违法停工待岗的法律后果：
- 若公司违法停工待岗，可能需要支付员工违法停工待岗期间的工资、经济补偿等，并可能面临劳动监察部门的处罚。
员工维权成功的法律后果：
- 若员工维权成功，将获得相应的经济补偿和工资支付，同时可能促使公司改正违法行为，维护劳动市场的公平和正义。
建议：作为员工，在面对公司单方面停工待岗的要求时，应保持冷静和理性，明确自己的权益和义务。若不同意公司的安排，应继续按照原劳动合同约定上班，并收集相关证据以备不时之需。同时，可以积极与公司进行协商，寻求妥善解决方案。若协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。